依法行政反映了行政機關運作方式的基本特征，保密工作部門是政府主管保密工作的職能部門，其一切管理行為都必須依法行政。依法行政的本質涵義有三個要點：一是行政權力的取得必須由法律設定；二是行政權力的行使必須依據法律；三是違法行政必須承擔法律責任。
保密依法行政是指各級保密工作部門依法對社會上各類涉及或者可能涉及國家秘密的組織或者個人所實施的行政管理行為。近年來，各級保密工作部門認真貫徹執行保密法，依法開展保密工作，在保密執法實踐方面積累了一定的經驗，取得了初步成效。但是，由于保密依法行政在我國尚處于起步階段，無論是從制度安排分析還是從現實情況來看都存在一些不盡人意的地方，保密法制建設有待進一步完善和加強，保密依法行政工作任重道遠。
一、從體制層面分析，保密依法行政跨不過“四道坎”。
第一道“坎”：無合法的執法資格。《保密法》第五條規定：“國家保密工作部門主管全國保守國家秘密的工作。縣級以上地方各級保密工作部門在其職權范圍內，主管本行政區域保守國家秘密的工作。中央國家機關在其職權內，主管或指導本系統保守國家秘密的工作。”各級保密工作部門的行政主體資格看似不成問題，但是當前各地保密工作部門的機構設置現狀卻使這一問題復雜化了，黨管保密的體制與依法行政的要求背道而馳。目前從國家到縣級的絕大多數保密工作機構均設置在同級黨委辦公廳（室）內，作為同級黨委辦公廳（室）管理的機構，有的甚至直接作為同級黨委辦公廳（室）的內設機構存在。如我縣在XX年縣鄉機構改革時關于縣保密局的去留問題文件表述如下：“縣保密局并入縣委辦公室，對外保留縣國家保密局牌子，在縣委辦公室內部設立機要保密室”。縣保密局由改革前的獨立副科級單位變成了縣委辦的半個內設機構，人、財、物等方面完全由縣委辦公室統一管理，自己沒有獨立的行政法人資格，無法以自己的名義對外獨立承擔自身行政行為產生的法律后果。可見，這顯然不符合《行政處罰法》、《行政訴訟法》等基本行政法中行政主體的要求。既非行政機關，何來“依法行政”？
第二道“坎”：無明確的執法依據。從目前保密工作部門行使行政權的依據看，《保密法》及其《實施辦法》屬于法律和行政法規，其余的均為國家保密局單獨或者與其他中央國家機關聯合制定的規章或者規范性文件。《保密法》、《保密法實施辦法》對保密工作部門職能的基本規定過于原則，而且不能涵蓋保密工作的全部內容。規章或者規范性文件，從形式到內容與《立法法》的要求都有一定的距離，例如國家保密局的許多規章不是以令的形式而只是以文件的形式發布，許多針對社會保密管理方面的規章或者規范性文件所設定的權利、義務缺乏直接、明確的法律依據。因此，從源頭上妥善解決保密依法行政依據的合法性問題，已經成為保密依法行政的當務之急。
第三道“坎”：無法定的行政職權。《保密法》第五條規定，各級保密工作部門主管本行政區域的保密工作。應該說這是一種概括性的授權，理論上可以理解為本行政區域內凡與保守國家秘密有關的事務，保密工作部門都可以，也應該去主管。但是具體哪些事情屬于與保守國家秘密有關？保密工作部門應該在哪個環節實施管理、用什么手段實施管理？等這些依法行政中要求明確的事項，在《保密法》及其《實施辦法》中卻少有規定，或規定得過于原則，致使保密工作部門的職權“遠看大無邊，近看無著落”。因為對保密行政職權沒有明確具體的規定，各地行政職權出現“長短不一”的現象。同為省級保密工作部門，有的省經過省政府法制辦確認了幾十項職權，而有的省卻一項也未予確認。行政機關職權法定，這是依法行政的前提條件。如果在行使職權問題上各地各顯神通，各行其是，這與依法行政的要求顯然是相悖的。
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