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軟件工程學院是金陵科技學院的工科二級學院，學院設有軟件基礎系、軟件應用系、軟件服務工程系和江蘇省軟件工程實踐教育教學中心。軟件工程專業于2011年開始招生，同年被南京市商務局授予南京市服務外包人才培訓基地；2012年被江蘇省教育廳立項為省級卓越工程師培養計劃，被省商務廳、省教育廳聯合授予江蘇省服務外包人才培養試點高校。
軟件工程專業采取產學研結合的理論實踐一體化人才培養模式開展應用型軟件人才培養，先后與澳大利亞昆士蘭理工大學（QUT）、印度國家信息技術學院（NIIT）、中軟、東軟和中科院軟件所開展合作項目，形成了行業化應用、平臺軟件應用和基礎軟件開發三類人才培養方案。其中，與中科院軟件所的合作項目面向國產操作系統產業化發展需要，著力培養在操作系統軟件開發方面具有創新設計與開發能力的應用型本科軟件人才；與QUT采用3+1模式進行合作辦學，培養服務于企業信息化的國際化的軟件工程人才；與NIIT合作培養服務于離岸外包產業所需的國際化平臺軟件應用開發化人才；與中軟、東軟和青軟等國內大型軟件服務外包企業聯合培養服務于在岸外包產業所需的行業化應用軟件開發人才。此外，學院還在與微軟等國內外知名軟件企業開展人才培養項目的洽談，并開拓與谷歌、IBM、SAP等公司在工具、平臺類方面的教學合作，注重培養學生靈活運用平臺工具等方面的工程實踐能力；將面向產業需求、與企業共同建設校內聯合實驗室，使學生在校內即可進行項目研發，從而提高其工程項目的實戰能力。
學院建有軟件工程一級學科，為南京市重點建設學科，在軟件工程理論、領域軟件工程、軟件測試與驗證、軟件服務工程等方面均有相關建樹。學科現擁有江蘇省信息分析工程實驗室、江蘇省智慧企業管理軟件工程中心、南京市企業管理軟件行業化工程技術研究中心和校級智能交通工程技術中心等四個科研平臺，在企業信息化應用、交通信息化應用、信息處理與集成、外包軟件服務的理論、方法與技術應用等研究方向上形成了骨干團隊。
學院將針對市場需求創新軟件人才培養模式，探索開展移動互聯軟件技術、數據庫技術、前端與后端開發技術、大型主機技術等項專業技術人才的培養；并以行業引導帶動學科交叉和人文科技融合，探索開展金融軟件工程、電子商務技術等領域復合型軟件人才的培養。
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