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1、生物技術及應用
生物技術及應用專業是省重點專業群建設專業、學院特色專業，是在傳承農學專業創辦60多年的歷史基礎上，根據生物技術企業快速興起的形勢，為順應市場對生物技術人才的大量需求，于2004年開設本專業。
專業致力于培養德、智、體全面發展，愛黨、愛國、愛人民、愛集體、愛家，身心健康，具備生物技術知識、掌握生物技術基本技能，能在生物技術領域從事生物產品質量監控、生物產品分離及其工藝控制、生物技術育種與種苗生產、生物產品銷售等一線工作的高級技能型人才。
目前，本專業擁有一支教學科研經驗豐富、年齡結構、職稱結構比較合理的高素質師資隊伍，是省優秀教學團隊。有專兼職教師22名，其中，教授4名、副教授8名，中級職稱5名，初級職稱5名。博士生導師1人、碩士生導師2人；有博士學位3人、碩士學位13人。江蘇省 “ 333高層次人才培養工程” 2人，江蘇省教育廳“青藍工程”中青年學術帶頭人2人、骨干教師4人，省“六大人才高峰”培養對象2人，南通市“226工程人才培養工程”領軍人才2人、中青年學術帶頭人培養對象5人，全國農業職業教育名師2人；雙師型教師比例100%。
近幾年來，本專業教師主持或參與的國家、省科研課題50多項。其中，主持國家自然科學基金項目2項、參與國家自然科學基金研究4項、主持省科技廳農業支撐項目1項、教育廳自然科學基金1項、省六大人才項目3項；主持或參與市科研項目30多項，其中與企業合作課題5項，并取得科研成果獎11 項；發表論文100多篇，其中，被SCI收錄論文16篇。另外，共承擔教研項目10項，其中省教育廳教改立項課題4項，中國農業職教項目4項。另外，指導學生參加省大學生科技創新項目5項；獲各類教學成果獎12項，發表教研論文10篇；主編高職高專教材 12本。其中《植物保護學》被評為江蘇省高校精品教材。2006年《微生物》、2008年《植物栽培環境》課程分別被評為江蘇省高校精品課程。
專業教學環境條件優越，科研儀器設備先進、齊全：院內投資建設了（1）市級重點實驗室3個：南通市農業生物技術重點實驗室1個，南通市藻類資源種質庫1個，有毒有害生物綜合防治重點實驗室；（2）校內實驗實訓室9個：生物技術實訓室、組織培養室、遺傳育種實訓室、生物分離實驗室、分子檢測實驗室、微生物實訓室、植物保護實訓室、精密分析儀器室、海洋單胞藻實驗室；另有生物標本室1個。（3）校內實訓基地2個：農藝實訓中心5畝和200多畝（薛窯老校—江蘇省園藝實訓基地；（4）另與南通龍翔生物科技有限公司、南通安惠生物科技公司、海門農科所省級農業標準化示范園區等10多家單位共建校外實訓實習基地。實驗實訓儀器設備總額880多萬。
總之，本專業牢牢掌握“以就業為導向，以能力為本位，以素質為核心”的高職辦學大方向，緊緊圍繞“學期于用”的辦學思想，在加快硬件條件和師資隊伍建設以及教學質量管理的同時，通過構建項目化課程體系，進行教學做一體化教革改革，將為生物技術領域培養出一批批富有創新精神、專業技能強、職業素質高的高技能型人才。
2、農產品質量檢測
農產品質量檢測專業是我院重點建設專業，國家教育部、財政部支持建設的“農業環境與產品安全實訓中心”的依托專業，最早開設于2003年，是學院首批建設的高職專業之一。農產品質量檢測專業主要培養掌握農產品安全檢測、農產品質量控制的基礎理論知識和實踐操作技能，具備農產品質量檢測與管理的專業能力，從事農產品質量檢驗、農產品安全檢測、農產品質量管理工作的高端技能型專門人才。
本專業招收應屆高中畢業生，學制為全日制三年大專；招收應屆初中畢業生，學制為全日制五年大專。經過幾年的教學，已向社會輸送高素質技能型人才365人，目前在校生187人。農產品質量檢測專業學生就業前景廣闊，畢業生廣泛分布在江蘇省龍頭企業，農產品質量管理的企事業單位。目前，畢業生協議就業率達100%，專業對口率持續保持在95%以上。根據對畢業生就業企業的問卷調查分析，農產品質量檢測專業畢業生就業質量比較高，工作表現突出，受到廣泛好評。在校成績優異的同學可以在學院內直接讀江南大學食品科學與工程專業的本科課程，符合要求的可獲取自學考試文憑和江南大學學位證書；或者直接讀南京農業大學現代農業管理的本科課程，符合要求的可獲取自學考試文憑和南京農業大學學位證書。
本專業師資隊伍結構合理，現有校內專任教師10人，高級職稱3人，碩士10人。其中江蘇省“青藍工程”骨干教師1人，南通市“226工程”中青年技術帶頭人1人。經過多年的建設，農產品質量檢測技術專業已初步形成一套完整的專業教學體系。目前，農產品質量檢測專業已建成基礎化學實訓室、食品分析實訓室、農產品質量分析實訓室，新的農產品質量檢測校內實訓中心等正在籌備建設之中。
3、食品加工技術
食品加工技術專業是我院重點建設專業，最早開設于2006年。食品加工技術專業主要培養掌握現代食品生產與加工技術、食品質量控制與品質管理、食品質量檢驗、食品營銷與服務的基礎理論知識和實踐操作技能，從事食品加工技術，食品生產檢測、管理、質量控制，以及食品經營、服務等工作的高端技能型專門人才。
本專業招收應屆高中畢業生，學制為全日制三年大專。經過幾年的教學，已向社會輸送高素質技能型人才238人，目前在校生193人。食品加工技術專業學生就業前景廣闊，畢業生廣泛分布在江蘇省龍頭企業，如江蘇寶寶集團、江蘇大富豪啤酒有限公司、江蘇中寶集團；還有部分優異的學生被美資公司——嘉吉糧油錄取。目前，畢業生協議就業率達100%，專業對口率持續保持在95%以上。根據對畢業生就業企業的問卷調查分析，食品加工技術專業畢業生就業質量比較高，工作表現突出，普遍得到社會的好評和用人單位的歡迎，畢業生大多從事食品行業相關工作，畢業生的社會滿意率達到95%以上。另外，在校成績優異的同學可以在學院內直接讀江南大學食品科學與工程專業的本科課程，符合要求的可獲取自學考試文憑和江南大學學位證書。
本專業師資隊伍結構合理，現有校內專任教師12人，高級職稱5人，碩士11人。其中江蘇省“青藍工程”骨干教師1人，江蘇省六大高峰人才培養對象1人，南通市“226工程”創業領軍人才1人，南通市“226工程”中青年技術帶頭人1人，南通市農產品加工技術協會副理事長1人，理事1人，南通市營養學會理事長1人，常務理事1人，理事2人。
經過多年的建設，食品加工技術專業已初步形成一套完整的專業教學體系。目前，食品加工技術專業已建成食品加工綜合實訓室、基礎化學實訓室、食品加工基本技能實訓室、食品質量分析實訓室，新的食品加工校內實訓中心也正在籌備建設之中。
4、食品營養與檢測
食品營養與檢測專業開設于2007年，是學院的主干專業之一，目前已連續招生6年，發展勢頭良好。食品營養與檢測專業主要培養掌握食品營養與檢測的基本知識和實踐操作技能，具有食品分析檢測、食品質量控制與品質管理、產品質量管理、食品營養成分分析、營養配餐等方面能力，掌握現代分析儀器使用技術，能夠從事能從事食品營養、食品衛生檢驗、食品衛生質量管理等工作的高端技能型專門人才。
本專業招收應屆高中畢業生，學制為全日制三年大專。經過幾年的教學，已向社會輸送高素質技能型人才132人，目前在校生289人。食品營養與檢測專業學生就業前景廣闊，畢業生就業質量高。目前，畢業生協議就業率達100%，專業對口率持續保持在90%以上。根據對畢業生就業企業的問卷調查分析，食品營養與檢測專業的畢業生工作表現突出，普遍得到社會的好評和用人單位的歡迎，畢業生大多從事食品行業相關工作，畢業生的社會滿意率達到90%以上。另外，在校成績優異的同學可以在學院內直接讀江南大學食品科學與工程專業的本科課程，符合要求的可獲取自學考試文憑和江南大學學位證書。
本專業師資隊伍結構合理，現有校內專任教師10人，高級職稱3人，碩士10人。其中江蘇省“青藍工程”骨干教師1人，南通市“226工程”中青年技術帶頭人1人，南通市農產品加工技術協會副理事長1人，理事1人，南通市營養學會理事長1人，常務理事1人，理事2人。
經過多年的建設，食品營養與檢測技術專業已初步形成一套完整的專業教學體系。目前，食品營養與檢測專業已建成基礎化學實訓室、食品分析實訓室、農產品質量分析實訓室，新的食品加工類校內實訓中心等正在籌備建設之中。
5、生物制藥技術
專業發展前景：生物技術藥物已廣泛用于治療癌癥、艾滋病、貧血、發育不良、糖尿病、心力衰竭、血友病、囊性纖維變性和一些罕見的遺傳疾病。許多大型制藥公司面臨著大量專利即將過期、而同時產品儲備非常不足的情況，因而不得不從生命科學公司中尋找新藥。新的藥物發現技術使得尋找特殊疾病藥靶的途徑變得越來越便宜、迅速和精確。我國是世界上的人口大國，然而從事生物技術產業研究與開發的人數為 1.7 萬，生產和經營的人數為 0.9 萬，僅相當于美國生物技術產業人數的 1/4 。從事生物醫藥產品研究與開發的人才更是嚴重不足，已成為制約我國生物醫藥產業發展的瓶頸。
培養目標：掌握化學制藥、生物制藥、藥物制劑技術與工程的基本理論和基本知識；掌握藥物生產裝置工藝與設備設計方法；具有對藥品的新資源、新產品、新工藝進行研究、開發和設計的初步能力；熟悉國家對于化工與制藥生產、設計、研究與開發、環境保護等方面的方針、政策和法規；了解制藥工程與制劑方面的理論前沿，了解新工藝、新技術和新設備的發展動態；熟悉掌握一門外語，具備聽、說、讀、寫能力，掌握文獻檢索、資料查詢的基本方法，具有一定的科學研究和實際工作能力。
就業前景：制藥、生化企業和醫藥管理部門從事技術管理、生產、產品開發工作。
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