（直博生、延邊計劃、支教保研計劃單列，不含在招生專業目錄所公布的各學院擬招生人數中，各學院擬招生人數可到《2016年碩士招生專業目錄》中查詢，網址：http://yzb.nankai.edu.cn/2585/list.htm 目錄內所公布的招生名額標記方式為YaMb：表示按學院公布擬招生人數，擬招收a人，各學院實際接收的推薦免試名額見下表，最終剩余公開招考名額為a減去下表中數字）
| 學院代碼 | 學院名稱 | 學術型接收數 | 專碩接收數 | 備注 |
| 11 | 陳省身數學研究所 | 6 | ||
| 12 | 數學科學學院（含組合中心） | 48 | 學術型含“組合數學中心”5人。 | |
| 13 | 統計研究院 | 5 | 17 | |
| 21 | 物理科學學院 | 16 | ||
| 25 | 泰達學院 | 4 | ||
| 31 | 電子信息與光學工程學院 | 46 | 1 | |
| 32 | 計算機與控制工程學院（軟件學院） | 64 | 4 | |
| 40 | 環境科學與工程學院 | 38 | 1 | 學術型含“格拉斯哥國際合作項目”0人。 |
| 51 | 化學學院 | 120 | 3 | |
| 52 | 材料科學與工程學院 | 20 | ||
| 60 | 生命科學學院 | 55 | 0 | |
| 65 | 藥學院 | 8 | 0 | 學術型含“國際生物醫藥聯合研究院”0人。 |
| 70 | 醫學院 | 0 | 62 | 專碩含“七年制轉段”62人。 |
| 80 | 漢語言文化學院 | 3 | 4 | |
| 91 | 文學院 | 41 | 0 | |
| 93 | 歷史學院 | 37 | 1 | |
| 95 | 哲學院 | 13 | ||
| 100 | 外國語學院 | 23 | 0 | |
| 112 | 法學院 | 25 | 5 | |
| 115 | 周恩來政府管理學院 | 48 | 0 | 學術型含“格拉斯哥國際合作項目”0人。 |
| 120 | 馬克思主義教育學院 | 2 | ||
| 130 | 金融學院 | 49 | 40 | |
| 131 | 經濟學院 | 115 | 0 | 學術型含“格拉斯哥國際合作項目”1人。 |
| 140 | 商學院 | 82 | 0 | |
| 145 | 旅游與服務學院 | 8 | 0 | |
| 160 | 經濟與社會發展研究院 | 14 | 6 | |
| 180 | 金融發展研究院 | 8 | ||
| 185 | 國家經濟戰略研究院與阿拉斯加國際合作項目 | 12 | ||
| 190 | 日本研究院 | 3 |
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