按照既要滿足業務、財會和倉庫部門所需要的資料，又要保護商品安全和簡化核算手續的要求，批發商品庫存明細賬有三種設置方法：
1、三賬分設
即業務部門、會計部門和倉庫部門各設一套庫存商品明細賬。業務部門設商品調撥賬，登記商品數量，掌握庫存商品的“可調庫存”，憑以辦理商品的購進、銷售、調撥的開單工作;會計部門設商品明細賬，登記進價金額和數量，核算“會計庫存”，憑以掌握考核商品資金運用和周轉情況，計算商品銷售成本，控制業務和倉庫部門的商品賬;倉庫部門設商品保管賬，登記商品數量，掌握商品“保管庫存”，憑以保管商品，辦理發貨，安排倉位。
另外，在堆放商品處，設置商品堆垛掛卡，以隨時掌握各堆商品的存量。“三賬分設”體系比較完整，但商品明細賬的登記工作重復，而且因商品增加、減少的憑證在企業內部流轉時間不一，口徑各異，核對賬目較為困難。
2、兩賬合一
即業務部門、會計部門合設一套庫存商品明細賬。有些企業的業務部門和會計部門在同一場所辦公，可將業務部門的商品調撥賬與會計部門的商品明細賬合并為一套賬，放在業務部門。倉庫部門則單獨設置商品保管賬，商品堆放處仍設數量卡。
3、三賬合一
即業務部門、會計部門、倉庫部門合設一套賬。這樣設置商品明細賬的方法適用于“前店后倉”的企業，業務、財務、倉庫三個部門同在一個場所合并辦公，共同使用一本賬。
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