出納核算方法主要包括設置賬戶、復式記賬、審核和填制憑證、登記賬簿、財產清查、編制報表，以及對出納核算資料進行分析和利用等方法。
（1）設置賬戶。
設置賬戶是對核算對象的具體內容進行分類反映和監督的一種專門方法。就出納核算而言，要按現金、每一種銀行存款、每一種有價證券設置賬戶進行記錄和核算。出納工作常設賬戶有：“現金日記賬”、“銀行存款日記賬——結算戶存款”、“銀行存款日記賬——××專戶存款”、“長期股權投資——股票投資（××股票）”等。
（2）復式記賬。
復式記賬是對每一項經濟業務通過兩個或兩個以上有關賬戶相互聯系起來進行登記的一種專門方法。在我國，幾十年來“增減記賬法”、“收付記賬法”、“借貸記賬法”三種復式記賬方法同時應用。但隨著新的預算會計制度的出臺，各企事業單位和行政單位統一使用“借貸記賬法”記賬。所以，目前企業出納記賬應當采用借貸復式記賬的方法。
（3）審核與填制憑證。
審核并填制憑證，是為了保證會計核算質量，審查經濟活動的合理牲、合法性而采用的一種專門方法。出納人員對經濟業務進行賬務處理，在過賬前，也要復核有關原始憑證，填制或復核記賬憑證。原始憑證是經濟業務的書面證明，是記賬的依據，對記錄每一經濟業務的原始憑證進行嚴格的審核，并根據經審核后的原始憑還填制記賬憑證，然后再據以記賬，可以保證核算質量，明確經濟責任。出納人員對原始憑證的復核與專管費用報銷人員對原始憑證的審核是兩個不同的過程，出納人員的復核是一種復查性的，是保證會計核算質量的重要的和必不可少的一種手段，是出納工作的一個步驟，而費用報銷的審核則是一項專門的財務管理工作；出納人員不得兼管費用報銷等審核工作。
（4）登記賬簿。
登記賬簿是根據記賬憑證，在賬簿上連續、系統、全面地記錄經濟業務的一種專門方法。按照記賬的正規方法和程序登記賬簿，并定期進行對賬、結賬，可以提供完整的、系統的核算資料。出納日記賬要逐筆序時進行登記，定期結出借貸發生額與余額，出具出細報告單與總賬會計進行核對。其中現金日記賬還要每日結出余額，并與庫存現金核對。
（5）財產清查。
財產清查是對各項資產物資進行實物盤點，賬面核對以及對各項往來款項進行查詢、核對，以保證賬賬、賬實相符的一種專門方法。通過財產清查，可以查明各項資產物資、債權債務、所有者權益等情況，加強物資管理，保持賬記與實存的一致性，并為編制報表提供可靠的資料。出納要每天清點核對庫存現金，經常性地與銀行進行賬目核對，適時清點核對庫存各種有價證券和結算票據。
（6）編制會計報表。
編制會計報表是以表格形式，定期總括地反映經濟活動和財務收支情況的一種專門方法。編制會計報表，可以反映企業財務狀況、經營成果和預算、計劃的執行情況，為企業增產節約、提高經濟效益提供可靠的資料；為有關政府部門進行宏觀調控提供有關信息；為投資人、債權人進行投資決策提供所需資料。出納部門主要是報告本單位現金收支與結存情況，現金收支計劃的實現情況，資金利用情況，資金使用效益等情況。
（7）會計分析。
對核算資料進行分析利用，是對核算資料所反映的各項經濟指標進行對比分析，以便挖掘收入潛力，找出降低成本辦法，擴大經營成果。
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