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培養方向不同

根據我國的有關規定，普通碩士教育以培養教學和科研人才為主，授予學位的類型主要是學術型學位;而專業碩士是具有職業背景的碩士學位，為培養特定職業高層次專門人才而設置。

招生條件不同

專業碩士要求報考者有一定年限的工作經歷，而普通碩士則不需要。絕大多數專業碩士還要求在職人員報考需經所在單位或相應管理部門的同意，有的甚至要求所在單位推薦等。

招生考試不同

對學生來說，普通碩士的招生考試只有年初的“統考”，而統考以外的專業考試則由各招生單位自行命題、閱卷。專業碩士的招生考試有10月份的“聯考”和年初的“統考”兩次機會，考生可以自行選擇，而這兩大國家級別的考試的專業考試，也由各招生單位自行命題、閱卷。

入學難度不同

全國碩士研究生入學統一考試(統考)完全是嚴進寬出的代表。據統計，報考2010年碩士研究生的人數達到140萬人，較2009年增加了13%，招生人數為47.2萬，錄取比例為3:1。北大、清華、復旦等名牌大學，以及微電子、信息科學、生物醫藥、世界經濟、國際金融等熱門專業，由于報考者眾多，錄取率更低。據了解，一些名校熱門專業的錄取比例甚至為70：1。而一些二流學校的冷門專業卻年年招不滿。因此，入學難度取決于考生報考的學校和專業。專業碩士的招生考試有10月份的“聯考”和年初的“統考”兩次機會，考生可自行選擇。這兩大國家級別考試的專業考試，是由各招生單位自行命題、閱卷。不同專業的入學難度各不相同，熱門專業相對難一些。例如，2004年上海復旦、交大、財大三所高校MBA的錄取比例在6：1左右;2004年全國法律碩士錄取率則不到10%。此外，“聯考”和“統考”的難度也不一樣，由于“統考”考生遠多于“聯考”考生，考試競爭激烈程度自然也大。不過，“聯考”的考試雖容易，但錄取時更看重申請者的工作背景和經驗。

學習方式不同

普通碩士：全日制學習。一般為3年。

專業碩士：半脫產，學制2-3年。

學習費用不同

普通碩士錄取為國家計劃內(非定向、定向)的碩士生按國家規定享受免學費待遇(截止2014年)。

錄取為國家計劃外(委托培養、自籌經費)的碩士生須繳納學費，一般為8000元/年，不同專業有所不同。對于自籌經費生、特困生等考生可通過申請國家助學貸款或者商業貸款緩解學費的壓力。專業碩士學費按照不同專業類別差別較大。例如，MBA的學費要十幾甚至幾十萬元，而工程碩士的學費一般為3-4萬元。專業碩士學位一般不能申請國家助學貸款。

文憑頒發不同

與普通碩士不同，大多數專業碩士只授予學位證書，沒有學歷證書。但也有例外，例如工商管理碩士、法律碩士、臨床醫學碩士、建筑學碩士等，就同時頒發學位和學歷證書。大體來看，“統考”生拿“雙證”，“聯考”生拿“單證”。

認可度不同

普通碩士：由于是全日制正規大學碩士畢業，擁有學歷、學位雙證，因此社會對這樣的畢業生的認可度非常高。但企業在招聘時也會考慮到全日制碩士研究生的弱點：光有理論，經驗不足。特別對于碩士專業與本科專業方向完全不同，又從無相關工作經驗的求職者，企業會有所顧忌。建議這類畢業生通過實習、兼職或考職業證書來加強自身的競爭力。

專業碩士：參加1月份統考的MBA能拿雙證，而工程碩士目前只能拿學位證，因此對專業碩士的市場認可程度略有差異。當然，隨著近幾年專業碩士種類不斷增多，報考人數連年上升，因此人氣帶動了市場效應，其認可度和求職地位也逐漸上升，很多企業不再苛求學歷證書，而是更關注專業學位證書本身的含金量。