南京農業大學動物醫學院的前身為1921年創立的東南大學(后改名為中央大學)畜牧獸醫系，是我國最早成立的畜牧獸醫系之一。學院學科實力居國內一流，享有較高的國際聲譽。現為全國獸醫專業學位教育指導委員會秘書處掛靠單位和副主任委員任職單位。擁有獸醫學國家重點一級學科及3個國家重點二級學科(預防獸醫學、臨床獸醫學、基礎獸醫學)。在90多年的辦學歷程中，已為國家培養了7000多名本科生和研究生，其中有一批知名學者、教育家、實業家和省市級領導干部。學院現每年招收本科生185人，全日制碩士、博士研究生219人。
動物醫學院建有動物科學類國家級教學示范中心、豬鏈球菌OIE國際參考實驗室、農業部動物細菌學重點實驗室、農業部動物生理生化重點實驗室、江蘇省動物免疫工程實驗室等教學科研平臺。設動物醫學、動物藥學兩個本科專業及金善寶實驗班(動物生產類)。其中動物醫學專業2005年被評為江蘇省品牌專業，2008年評為教育部特色專業，2012年被評為江蘇省重點專業，2014年被評為卓越農林人才計劃建設專業。學院獨立設立了院級獎學金二十余項，學生獲獎率超過40%。
學院現有教職員工119人，其中正高職稱43人，副高職稱32人。博士生指導教師34名，碩士生指導教師63名。教師中擁有國務院學位委員會獸醫學科評議組成員、國家萬人計劃專家、長江學者、國家杰出青年基金獲得者、省部級突出貢獻的中青年專家、教育部跨(新)世紀優秀人才和江蘇省特聘教授等人才。
動物醫學院承擔大量國家及部省級科研項目。近五年，科研經費達2億多元，在Autophagy等SCI收錄刊物發表論文700余篇，獲國家發明專利授權近百項。“豬鏈球菌病研究及防控技術”獲國家科技進步二等獎。
學院大力拓展國際合作和學術交流，與美國、日本、加拿大、丹麥、澳大利亞、英國、西班牙等國和臺灣地區的有關學校、研究機構建立了合作關系，與德國漢諾威獸醫學院建立了校際關系。從2013年開始與加州大學戴維斯分校獸醫學院在南京聯合開辦國際高端獸醫繼續教育課程，2016年11月與美國加州大學戴維斯分校(UC Davis)簽訂One Health工作協議——“4+2”聯合培養項目。學院每年招收國外全日制留學生20多人。此外，先后為全球留學生舉辦了近20期國際獸醫針灸與中藥培訓班。
展望未來，南京農業大學動物醫學院以人才強院為核心、學科建設為基石、教育質量為根本、科技創新為動力、服務社會為擔當、文化傳承為己任，朝著創建國際一流的研究型學院目標邁進!
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