學院是2006年9月學校根據學科建設與發展需要組建而成的二級學院，其辦學歷史最早可追溯到1902年張謇先生創辦的通海農學堂。1971年原江蘇農學院調整設立植物保護、果樹、蔬菜專業，1982年在全國農業院校中最早將果樹、蔬菜專業合并為園藝專業，1987年增設觀賞園藝專業。學院現有植物保護、生態學、園藝、園林（城市景觀與規劃設計）4個本科專業和植物保護（植物檢疫）、植物保護(制劑管理與營銷) 、園藝(都市園藝)3個專業方向。其中，園藝專業為省級品牌專業，植物保護專業為省級特色專業，且均為省級重點專業。
學院現有植物保護博士后科研流動站1個，植物保護一級學科博士點1個（含農業昆蟲與害蟲防治學、植物病理學、農藥學、入侵生物與生物安全、園藝植物抗性及資源利用），植物保護和園藝一級學科碩士點2個，二級學科碩士點7個（農業昆蟲與害蟲防治、植物病理學、農藥學、蔬菜學、果樹學、茶學、觀賞園藝學）。有揚州大學水生蔬菜研究室省級研究機構1個，揚州大學應用昆蟲研究所、揚州大學經濟林研究所、風景園林設計與旅游規劃研究所及揚州大學城市有害生物防治研究所等4個校級研究機構，有實驗農牧場、智能溫室等校內實習場所及中國農科院等校外實習基地20余個，是中國銀杏研究會掛靠單位。
學院擁有一支職稱、年齡、學歷結構合理、素質優良的師資隊伍，有教職工74人，其中教授18人，副教授25人。博士生導師14人，碩士生導師63人（含校外）。目前有全日制在校本科生近1000人，博、碩士研究生近200人、外國留學生數名，成教生近300人。
學院一貫堅持理論聯系實際的優良傳統，在教學、科研、科技開發與科技成果轉化等方面具有鮮明的特色和優勢。現有國家級精品課程１門（昆蟲學），省級一類優秀課程2門（植物病理學、昆蟲學），省級特色專業（植物保護）1個，省級品牌專業（園藝）1個，校特色專業1個（園林），園藝、植物保護專業均為學校首批遴選的重點建設專業和江蘇省十二五重點專業。“十一五”以來，學院共承擔國家973、國家科技攻關和國家自然科學基金等國家級科研項目40多項，部省級科研項目50多項，總經費達6000多萬元。不少研究領域或方向的科技成果處于國內領先水平或國際先進水平。近年來共承擔省級教改課題2項，校級教改課題6項，先后取得各級各類教學成果獎20多項。
學院一直注重對外交流與合作，與中國科學院和中國農科院等科研單位有著密切的科研合作關系，并與美國、日本、澳大利亞、德國、荷蘭、香港、斯洛文尼亞等國家和地區建立了良好的合作關系。
“十二五”期間，學院堅持以人才培養為根本，以學科建設為龍頭，教學與科研并重，不斷深化教育教學改革，加強學科建設和師資隊伍建設，積極開展學術研究與學術交流，注重理論與實踐相結合，服務社會經濟發展，開展國際化人才培養工程，努力把學院建設成為教學、科研、科技開發與社會服務科學發展、和諧發展的研究教學型學院，為把揚州大學建設成為高水平大學作出更大的貢獻。
| 專 業 | 學制 | 培養目標 | 開設的主要課程 |
| 植物保護 | 四年 | 培養具備植物保護科學的基本理論、基本知識和基本技能，能在農業生產、推廣、管理及其它相關部門從事植保工作的技術與設計、推廣與開發、經營與管理等工作的高級科技人才。 | 植物生理學、作物栽培學、生物統計與試驗設計、作物遺傳育種、普通昆蟲學、普通植物病理學、昆蟲分類學、農業昆蟲學、植物病害診斷、農業植物病理學、植物化學保護、雜草防除、農藥毒理學、有害生物綜合治理等。 |
| 生態學 | 四年 | 培養具備生態學和環境科學的基本理論，具有生態工程的規劃與評價、環境監測與管理等方面的知識與技能，能在事業、管理部門及教學、科研、大中型企業等單位從事生態工程的評價與規劃、環境監測與管理等工作的復合型人才。 | 普通生物學、普通生態學、環境生態學、環境分析化學、生態信息技術、環境管理學、環境生態監測與治理、地理信息系統、環境工程學、綠色農業生態工程等。 |
| 園 藝 | 四年 | 培養具備園藝學及其相關學科的基本理論、基本知識和基本技能，能在農業、商貿、園林管理等領域或部門從事與園藝科學有關的技術與設計、推廣與開發、經營與管理、教學與科研等工作的高級科技人才。 | 植物生理學、生物化學、遺傳學、生物統計與試驗設計、草本園藝植物栽培學、木本園藝植物栽培學、設施園藝學、園藝植物育種學、園藝昆蟲學、園藝植物病理學、園林規劃設計等。 |
| 園林（城市景觀與規劃設計） | 四年 | 培養具備園林規劃設計、園林植物及其相關學科的基本理論、基本知識和基礎技能，能在園林、交通、水利、城市規劃等領域從事園林工程設計管理、經營與開發等工作的高級科技人才。 | 植物學、園林素描、園林渲染、園林設計、建筑力學與結構、園林建筑制圖、城市綠地規劃、園林綠化施工管理、園林植物遺傳育種、景觀生態學、園林樹木學、園林樹木栽培學、花卉學、草坪學、園林設計、園林工程、計算機輔助設計、園林建筑等。 |
| 植物保護(制劑管理與營銷) | 四年 | 培養具備植物保護學和應用化學的基本理論，掌握常用化學品（農藥、化肥等）的合成、加工、分析、生物測定、經營管理及應用技術，能從事農用化學品的生產加工、質量檢驗、推廣營銷及企業管理等工作的復合型人才。 | 植物化學保護、雜草防除、植物病理學、農業昆蟲學Ⅱ、農藥制劑學、農藥檢驗與分析、農藥合成原理、基礎生物化學、儀器分析、物化與膠化等。 |
| 園藝(都市園藝) | 四年 | 培養具備園藝學及其設施園藝相關學科的基本理論、基本知識和基本技能，能在農業園區、商貿、園林管理等領域或部門從事與園藝科學和設施園藝有關的技術與設計、推廣與開發、經營與管理、教學與科研等工作的高級科技人才。 | 植物生理學、生物化學、遺傳學、生物統計與試驗設計、草本園藝植物栽培學、木本園藝植物栽培學、設施園藝學、園藝植物育種學、園藝昆蟲學、園藝植物病理學、園區規劃設計等。 |
| 植物保護（植物檢疫） | 培養具備植保、植檢科學的基本理論、基本知識和基本技能，能在植物檢疫和農業管理管理部門從事有害生物檢測、檢疫、管理等植物檢疫類相關工作的高級科技人才。 | 植物生理學、作物栽培學、作物遺傳育種、生物統計與試驗設計、普通昆蟲學、普通植物病理學、農業昆蟲學、農業植物病理學、植物化學保護、植物病害診斷、昆蟲分類學、植物檢疫等。 |
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