植物保護學院始于金陵大學1916年設立的植病組，是中國近代植物病理學、昆蟲學及植物檢疫事業的發祥地，也是中國現代植物保護學科的主要起源地。目前擁有一級學科國家重點學科植物保護學，覆蓋植物病理學、昆蟲學與農藥學三個二級學科國家重點學科。學院設有3個系、1個直屬教研室、4個研究所、2個部級重點開放實驗室、1個博士后流動站和2個部屬全國性培訓中心。
學院師資力量雄厚，現有教授33名，其中博士生導師30名。擁有“973”項目首席科學家、長江學者、“新世紀百千萬人才工程”國家級人選、全國模范教師、教育部青年教師獎獲得者各1名，國家杰出青年基金獲得者2名，3名教育部跨世紀人才，7人獲得教育部新世紀創新人才計劃資助。80%的專業教師有出國留學一年以上的經歷，90%以上的中青年教師具有博士學位。
經過幾代人的建設，學院形成了治學嚴謹、理論與實踐并重的優良學風，確立了學術水平在全國的優勢地位。目前主持包括國家“863”計劃、“973”計劃、國家杰出青年基金等科研項目200多項，在研總經費2億元以上。先后獲得國家科技進步一等獎一項、二等獎四項。在《Nature》等國際著名學術刊物上發表論文多篇，學術影響名列學校和國內同行前茅。三篇博士論文先后榮獲全國百篇優秀博士論文。
學院現有植物保護、生態學2個本科專業。植物保護專業為江蘇省首批品牌專業，人才培養質量國內領先?！皩捇A、高素質植物保護本科人才培養的研究與實踐”榮膺植保專業人才培養方面唯一的國家級優秀教學成果一等獎，并擁有3門國家精品課程。畢業生專業基礎扎實、知識面寬、素質全面、能力較強，在就業市場上有明顯的競爭力，供需比保持在1：3左右，就業率穩定在95%以上。本科畢業生中40%以上攻讀研究生或出國留學繼續深造，畢業生主要在相關機關、事業單位、外資或國內骨干企業從事管理、技術推廣、市場與產品開發等工作。
植物保護
A培養目標：本專業培養具有深厚的生命科學和農業科學知識，扎實的植物保護學和現代生物技術基本理論、基本知識和基本技能，能夠獨立從事植物保護、植物檢驗檢疫及相關領域的教學科研、行政管理、科技開發及經營管理工作，具有較高綜合素質的高級專門人才。
B培養對象：本科，四年，授予農學學士學位。
C主要課程：植物學、微生物學、植物生理學、普通植物病理學、普通昆蟲學、農業植物病理學、農業昆蟲學、植物化學保護。
D就業情況：就業率95%以上，考研升學率均在40%以上。就業去向主要是出入境檢疫、國家、省、市縣植保部門、涉農大型企業、農業科技園區等從事檢疫、測報、植保技術推廣與開發、企業經營與管理等工作。
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