南京農業大學動物醫學院前身為東南大學畜牧獸醫系，創立于1921年，是我國最早的畜牧獸醫系之一。1952年全國院系調整時組建南京農學院畜牧獸醫系，分設畜牧、獸醫兩個專業。1984年，南京農業大學動物醫學院成立，分設畜牧系和獸醫系。1994年，撤系建院成立動物醫學院。動物醫學院1984年首獲博士學位授予權，1992年設立獸醫學博士后流動站，1998年獲獸醫學一級學科博士學位和碩士學位授予權，2007年獸醫學一級學科被評為國家重點學科。動物醫學院現為國務院學位委員會獸醫學科評議組第一召集人任職單位、全國獸醫專業學位教育指導委員會秘書處掛靠單位和主任委員任職單位。現有2個部級開放實驗室和1個部級工程中心，11個部批和校級研究室或中心。2005年，動物醫學專業被評為江蘇省品牌專業，2008年評為教育部特色專業。“動物健康與獸醫公共衛生”為三期“211工程”建設項目。
動物醫學院師資力量雄厚，學科均衡，擁有一支銳意進取、年齡結構合理的學術隊伍。現有教職工100名，其中教授29名，副教授、副研究員、高級獸醫師、高級實驗師30名，講師、實驗師27名。具有博士學位者62名，碩士學位者8名，其中博士生指導教師26名，碩士生指導教師50名。動物醫學院現有動物醫學和動物藥學2個本科專業及動物健康與生產強化班，動物醫學專業連續多年位居國內大學同類專業前列。
學院下設三個系，即基礎獸醫學系、預防獸醫學系和臨床獸醫學系。基礎獸醫學系有農業部動物生理生化實驗室，下設動物解剖學、動物組織胚胎學、動物生理學、動物生物化學、獸醫藥理學和獸醫病理學學科組；預防獸醫學系有農業部獸醫細菌學實驗室和農業部動物疫病防治技術創新中心，下設獸醫微生物學、家畜傳染病學和家畜寄生蟲學學科組；臨床獸醫學系設有獸醫內科學、獸醫外產科學、中獸醫學學科組。學院附設畜牧與獸醫編輯部、動物醫院、實驗動物中心、動物藥廠和40個校外教學實習基地。
“十一五”期間，學院承擔了多項“973”、“863”、公益性行業專項、轉基因重大專項、國家支撐計劃等國家級重大項目和多項部、省科研項目及國際合作項目。每年平均在核心期刊上發表高質量的科研論文200多篇，其中SCI收錄近60篇。在重大人獸共患病、重大動物疾病、動物寄生蟲病、營養生理生化及調控、分子神經內分泌、功能基因表達及調控、細胞生物學、免疫病理、新獸藥創制、畜禽營養代謝及中毒病、畜禽骨骼與關節疾病、動物生殖調控及中西獸醫結合等方面的研究達到了國內領先或國際先進水平，取得了顯著成果，其中，“豬鏈球菌病研究及防控技術”獲2007年度國家科技進步2等獎，為國家經濟建設和社會發展作出了重大貢獻。
90余年來，學院為國家培養了5000多名本科生和研究生，其中有許多人已成為國內外著名的教育家、科學家和實業家等，為我國的畜牧獸醫事業做出重要貢獻。目前動物醫學院在校學生共有1700多人。其中本科生887人，碩士生464人，博士生114人（外國留學研究生16人），獸醫專業學位博士生和碩士生304人，博士后研究人員5人。為了獎勵德、智、體全面發展的優秀本科生、研究生，學院設立了“羅清生獎學金”、“六和獎學金”、“輝瑞普強獎學金”、“恒豐強獎學金”、“仕必得獎學金”、“國龍獎學金”、“勃林格殷格翰獎學金”、“南農高科獎學金”、“春苗獎學金”、“上海農場獎學金”、“臺灣信元”等十多項獎學金，最高獎金每人達10000元。
學院先后與德國、美國、日本、加拿大、丹麥、澳大利亞、英國、西班牙等國的有關學校、研究機構建立了合作關系，國際學術交流十分活躍。近5年，學院教師先后有110人次到國外進修，攻讀學位或合作科研。他們回國后，在教學科研上發揮著重要作用。此外，學院先后舉辦近20期國際獸醫針灸班，為日本、德國等國家培訓了200多名學員。
在新的形勢下，南京農業大學動物醫學院以培養高素質創新性人才為根本，以滿足國家重大需求和服務社會需要為己任，團結、求實、拼搏、奮進，力爭為國家和社會做出更大的貢獻。
動物醫學
A培養目標：培養從事與動物健康和衛生相關工作，德、智、體、美全面發展，具有創新精神和實踐能力的應用型、復合型人才，為促進畜牧業發展和保護人類健康服務。相關的領域包括：畜禽、伴侶動物疾病和人與動物共患疾病的診斷與防治，環境與動物保護，動物檢疫，動物產品安全，動物產品進出口貿易，動物藥物和生物制品生產等。
B培養對象：本科，學制五年，授予農學學士學位
C主要課程：動物解剖學、動物組織胚胎學、動物生物化學、動物生理學、獸醫藥理學、動物病理學、獸醫微生物學、獸醫免疫學、動物性食品衛生學、獸醫臨床診斷學、獸醫寄生蟲病學、家畜傳染病學、家畜內科學、家畜手術學、家畜外科學、獸醫產科學、中獸醫學等。
D就業情況：就業率100%，其中升學率約40%。去向主要是科研院所、高等院校、企事業單位和一些政府部門，從事教學、科研、防疫、檢疫和獸醫臨床診療等工作。
動物藥學
A培養目標：培養從事與動物藥品和動物生物制品研究與開發相關工作，德、智、體、美全面發展，具有創新精神和實踐能力的應用型、復合型人才，為提高我國動物藥品和動物生物制品的質量和競爭能力服務。
B培養對象：本科，學制五年，授予農學學士學位
C主要課程：實驗動物學、動物形態學、動物生物化學、動物生理學、動物藥理學、動物毒理學、動物病原學、分子生物學、藥物制劑學、物理化學、藥物化學、藥物分析、中藥制劑學、動物免疫學、獸醫生物制品學、獸醫法規等。
金善寶實驗班（動物生產方向）
A培養目標：培養德、智、體、美全面發展，具備動物醫學、動物藥學、動物科學等方面的基本理論、基本知識和基本機能，能夠在與動物健康和衛生、牧產業及相關部門或單位從事教學、科研、開發與技術推廣等工作的創新型、復合型人才，為促進畜牧業發展和保護人類健康服務。
B培養對象：本科，動物健康方向學制5年，動物生產方向學制4年，授予農學學士學位
C專業分流：實驗班實行中期考核與分流制度。在第五學期初實行分流，分流方向為動物健康方向（動物醫學院）和動物生產方向（動物科技學院）；未達到學校要求的學生，取消強化班學習資格，轉入動物醫學、動物科學類相關專業學習。
D主要課程：動物學、動物解剖學、動物組織胚胎學、動物生物化學、動物生理學、獸醫藥理學、動物病理學、獸醫微生物學、獸醫免疫學、動物性食品衛生學、獸醫臨床診斷學、獸醫寄生蟲病學、家畜傳染病學、家畜內科學、家畜手術學、家畜外科學、獸醫產科學、中獸醫學、生物統計與試驗設計、動物遺傳學、動物營養學、動物繁殖學、家畜育種學、飼料學、家畜環境衛生學、牛羊生產學、豬生產學、禽生產學等。
E深造方向：基礎獸醫學、預防獸醫學、臨床獸醫學、動物遺傳育種與繁殖、動物營養與飼料科學等。
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