基礎醫學院是北京中醫藥大學歷史最長、規模最大，集教學、科研為一體的醫學單位，其前身為北京中醫學院中醫系，創建于1956年。1980年經衛生部批準成立了中醫基礎理論研究所，實行系所合一的管理體制，1985年更名為中醫基礎醫學部。1996年1月經教育部批準正式改名為北京中醫藥大學基礎醫學院。2000年6月，原北京針灸骨傷學院與北京中醫藥大學合并，劃歸教育部管理，同時成立了新的北京中醫藥大學基礎醫學院。
自創辦之日至今，許多為新中國中醫藥事業做出開創性貢獻的國醫泰斗在基礎醫學院執掌教席，使這里成為全國乃至全世界中醫藥學術的權威學府。半個世紀以來，基礎醫學院培養了一大批功底深厚、學驗具豐的國醫大師與國醫精英，在中醫學理論、科研及臨床研究應用等各個領域取得了豐碩的成果。
學院現有教職工256人，其中教授76人，副教授102人，博士生導師42人，碩士生導師58人。學院下設9個系、7個研究中心、2個實驗中心，擁有中醫學和中西醫結合學科2個國家級重點學科，這兩個學科在全國排名均是第一；2個北京市重點學科和4個局級重點學科，博士、碩士學位授予點各7個，2個博士后流動站，3個局級重點實驗室，3個校級重點實驗室，其綜合實力在全國同類學院中名列前茅。
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學院地址： 北京中醫藥大學西校區
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