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學院擁有土木工程一級學科博士點及博士后科研流動站，擁有結構工程、橋梁與隧道工程、巖土工程、市政工程、防災減災與防護工程、水工程安全與水災害防治、供熱供燃氣通風及空調工程、道路交通工程與災害防治等8個二級學科博士點，以及土木工程、水利工程2個一級學科碩士點和結構工程等13個二級學科碩士點。擁有“土木工程防震減災信息化國家地方共建工程研究中心”、“可持續與創新橋梁福建省高校工程研究中心”，土木工程新技術與防災減災“211工程”國家重點學科建設項目，結構工程國家（培育）重點學科，“可持續工程結構與防震減災”福建省優勢學科創新平臺，“土木工程”福建省特色重點學科，土木工程、水利工程二個福建省一級重點學科。學院還有與德國凱澤斯勞滕大學的“5+5”、與美國韋恩州立大學的“3+2”學分互換項目，入選該項目的學生將前往德國、美國進行學習交流并獲得相關學位。
土木工程專業
本專業為國家級特色專業，首批教育部卓越工程師培養試點專業。培養從事建筑工程、道路與橋梁工程、軌道與地下工程設計、施工、管理及科研的工程技術人才。通過學習，掌握工程力學和工程結構設計的基本理論和專業知識；掌握工程制圖、測量學等基本技能；掌握土木工程材料、地基處理及工程概、預算等基本知識；具有建筑工程、道路與橋梁工程、軌道與地下工程設計與施工組織以及管理的能力，具備成為一名合格工程技術人才所必需的理論知識與專業素養。畢業后可在房屋建筑、公路與城市道路、隧道與地下建筑、鐵路交通、市政工程等系統從事設計、施工、管理、科研等工作。
水利水電工程專業
本專業培養從事大中型水庫、水電站等水利水電樞紐工程及市政、環保水利設施、港口與近海岸工程的設計、施工方面的高級工程技術人才。通過學習，掌握工程結構、工程力學、水力學、巖土力學的基本理論、水利資源利用與環境水利學的基本知識，具有中型水利水電樞紐的規劃設計能力、各類水利設施的水工建筑物和港口與近海岸工程的設計、施工、管理和科研能力。也可在港航、市政、環保部門從事專門水工建筑的設計與施工等工作。
給排水科學與工程專業
本專業培養從事市政工程、建筑工程、工礦企業及環境保護等部門從事本專業規劃、設計、施工和運營管理工作的高級工程技術人才。通過學習，掌握計算機科學、工程流體力學、工程力學、水處理生物學、水分析化學、水質工程學、給水排水管網系統、建筑給水排水工程、水工程施工等理論和知識；具有從事本專業規劃、設計、運營和管理等能力，獲得工程師基本訓練。畢業后可在設計、施工、運營等企事業單位、科研教學和管理部門從事本專業工作。
工程管理專業
本專業培養能夠在土木工程及其他工程領域進行工程決策和從事全過程工程管理與相關專業管理的高素質、復合型人才。通過學習，掌握土木工程技術知識，掌握與工程管理相關的管理理論和方法，掌握相關的經濟理論與方法，熟悉工程項目建設的法律、法規，同時具備較強的綜合實踐能力、創新能力和良好的社會適應能力。畢業后能夠在建設單位、建筑施工單位、工程建設監理單位、房地產企業、工程咨詢服務企業、設計單位從事工程管理及相關工作。
交通運輸類（包括交通工程、交通運輸兩個專業）
交通工程專業
本專業培養從事交通運輸規劃、交通工程設計、交通控制系統開發等方面工作的高級工程技術人才。通過學習，掌握系統工程學、交通工程學等方面的基本理論和基本知識，受到識圖制圖、上機操作、工程測量、工程概預算的基本訓練，具有進行交通基礎設施規劃、設計與工程項目評價方面的基本能力。畢業后能在國家與省、市發展計劃部門、交通規劃與設計部門、交通管理部門等從事交通運輸規劃、交通工程設計、交通控制系統開發等工作。
交通運輸專業
本專業培養從事交通運輸組織、指揮、決策，交通運輸企業生產與經營管理的高級技術人才；通過學習，掌握運籌學、管理學、交通運輸組織學等方面的基本理論和基本知識，受到交通運輸技術管理、商務管理、信息管理的基本訓練；具有運用運輸技術設備，合理組織運輸生產以獲得最佳社會與經濟效益的基本能力；畢業后能在國家及省、市的交通運輸管理部門、交通運輸企事業單位等從事交通運輸組織、指揮、決策，交通運輸企業生產與經營管理等工作。
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