甘肅中醫學院中西醫結合系初建于2004年5月，2005年7月與臨床醫療系合并，隨著中西醫結合專業招生規模的擴大，師資力量的增強，為進一步突出特色，加強專業建設，便于更規范化管理，于2008年5月中西醫結合系再次單獨成立。
專業設置有中西醫結合臨床醫學本科專業。下設中西醫結合方法學、中西醫結合臨床兩個教研室。在專業結構設置，課程課時安排和教學內容等方面確定了“中西醫并重，優化課程設置，課程進度并行，涵蓋必備知識，突出實用性。”的培養指導思想，將學生培養成為從事中西醫臨床醫療、保健等工作的應用型人才。中西醫結合臨床醫學專業本科學生通過5年的系統教育，學生能夠系統地掌握中西醫基礎理論、基本知識和基本技能，能熟練運用中西醫兩種方法和手段對臨床常見病、多發病進行中醫辨證施治和現代醫學診斷治療，具備初步的醫學科研能力。甘肅中醫學院從1996年開始招生中西結合專科學生，學制三年。于2001年開始招收中西醫結合臨床專業本科生，目前，中西醫結合臨床醫學本科專業每年招生在100人至150人之間，在校本專業本科學生約650人左右。
所轄中西醫結合臨床學科，自2001年起開始招收碩士研究生，目前每年招生碩士研究生20名，在校研究生約60人左右。本學科所聘任的研究生導師中，匯集了裴正學、趙健雄、劉國安等甘肅省中西醫結合學界之精英，學術水平高，成為甘肅中醫學院最具活力的學科之一，多次被省教育廳確定為省級重點學科，學科帶頭人李應東博士為甘肅省“333”人才，甘肅省優秀專家，主持完成國家科技部攻關課題，并獲省級科技進步獎三項。全系現有專業課任課教師11名，其中具有副高職稱以上的教師4名，中級職稱5人，初級職稱2人；擁有博士研究生學歷的教師1名，碩士研究生學歷的教師7名，系部專兼職管理人員9名。中西醫結合是中醫和西醫的理論知識與臨床實踐互相交叉、滲透、綜合，逐步形成且不斷發展的中、西醫學的交叉學科或綜合學科，也是一門新興學科。中西醫結合是在中國產生、發展，符合中國國情，獨具中國特色的醫學學科。中西醫結合系在充滿活力的新的領導班子的帶領下圍繞學科特點及特色正蓬勃向前發展。
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