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刑事訴訟中的專門機關即依照法律規定在刑事訴訟活動中行使法定職權的國家機關，包括人民法院、人民檢察院和公安機關。同時依據《刑事訴訟法》第4條、225條的規定，國家安全機關、軍隊保衛部門和監獄分別對危害國家安全的刑事案件、軍隊內部發生的刑事案件和監獄內犯罪的刑事案件行使偵查權。此外，自1998年起，國家在各級海關設立走私犯罪偵查部門，所以，海關所屬的走私犯罪偵查機構也屬于刑事訴訟中的專門機關。

一、人民法院

根據《憲法》第1 23條和《人民法院組織法》的規定，人民法院是國家的審判機關，代表國家獨立行使審判權。人民法院的任務是審判刑事、民事和行政案件，并且通過審判活動懲辦一切犯罪分子，解決民事、行政糾紛，以保衛人民民主專政制度，維護社會主義全民所有的財產、勞動群眾集體所有的財產，保護公民的人身權利、民主權利和其他權利，保障社會主義建設事業的順利進行，并教育公民忠于社會主義祖國，自覺地遵守憲法和法律。

人民法院是刑事訴訟中唯一有權行使審判權和定罪權的專門國家機關，未經人民法院依法判決，對任何人不得確定有罪。

我國的人民法院體系依照《人民法院組織法》的規定由最高人民法院、地方各級人民法院和專門人民法院組成。我國目前的專門人民法院有軍事人民法院、鐵路運輸法院和海事法院(海事法院沒有審判刑事案件的審判權)。

二、公安機關

公安機關是國家的治安保衛機關，擔負著保衛國家安全和社會治安的任務，是各級人民政府的組成部門，是武裝性質的行政執法機關，擔負著保衛國家社會治安，維護社會秩序的重要任務。雖然人民法院和人民檢察院在性質上屬于司法機關，而公安機關屬于行政機關，但在刑事訴訟過程中，公安機關與人民法院、人民檢察院一樣發揮著重要作用。

公安機關的組成部門公安派出所是公安機關的派出機構，履行基層公安機關的部分職責。

公安機關上下級之間是領導與被領導的關系，上級公安機關可以直接指揮和參與下級公安機關的偵查活動，不同地區、不同類型的公安機關之間實行相互配合、協調作戰的原則。

根據《刑事訴訟法》第1 8條的規定：刑事案件的偵查由公安機關進行，法律另有規定的除外。所以，公安機關在刑事訴訟中的主要任務是負責刑事案件的偵查(人民檢察院、人民法院、軍隊保衛部門、監獄和走私犯罪偵查機關也承擔部分偵查職能)。

在刑事訴訟中，公安機關的主要職權有：

1．立案權

在認為有犯罪事實發生需要追究刑事責任且屬于自己的管轄范圍時，公安機關有權決定立案。

2．偵查權

在偵查過程中，公安機關可依法訊問犯罪嫌疑人、詢問證人，有權進行勘驗、檢查、搜查，有權扣押物證、書證，凍結存款、匯款，組織鑒定和偵查實驗，實施通緝，有權對犯罪嫌疑人采取拘傳、取保候審、監視居住等強制措施。對現行犯或重大犯罪嫌疑分子有權先行拘留。對符合條件的犯罪嫌疑人有權申請檢察機關批準逮捕，對經人民檢察院批準逮捕或人民檢察院、人民法院決定逮捕的犯罪嫌疑人進行逮捕。對有證據證明有犯罪事實存在的案件進行預審，對符合法定條件的案件有權作出終結偵查的決定。

3．執行權

公安機關負責對被判處管制、拘役、剝奪政治權利罪犯的執行，緩刑以及假釋、暫予監外執行的罪犯，執行期間也由公安機關執行。