細菌性腦室炎的治療與腦膜炎相似，應盡早查清致病菌及藥物敏感試驗，以便選用能透過血腦屏障的強效抗生素及藥物，盡快投給。同時，應立即將先前置入腦室的引流管或分流管拔除，因為附著在管壁上的細菌具有更大的耐藥性。
如果腦室系統沒有梗阻，選用的抗菌藥物有效，感染常能得以控制，隨之腦脊液細胞數即減少，病情亦迅速改善。設若是腦室系統存在阻塞，或敏試有效的藥物透過血腦屏障較差時，則應在全身用藥的同時，反復行腦室穿刺引流，并經腦室內給藥。
此時由于梗阻已變為腦室積膿（Pyocephalus），則需用置管引流或行雙管沖洗引流，以4～8萬u慶大霉素溶在500ml生理鹽水中，由一管緩慢持續滴入，經另一管等量引流至封閉的瓶或袋中，每分鐘30～40滴保持出入平衡，直到引流液轉清，癥狀好轉，細菌培養陰性及白細胞數正常之后，始可拔管。
位于腦深部接近腦室的膿腫，因靠室管膜一側的膿壁纖維化進程較慢，往往菲薄，故有突然破入腦室引起急性化膿性腦室炎的危險。遇此情況，唯有緊急開顱切除膿腫，用抗菌鹽水徹底沖洗腦室，并置管行腦室外持續引流，同時，全身加強抗菌治療，始有一線救治希望。
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