Burnet的克隆選擇學說提出體內約存在著102-107具有免疫活性的細胞克隆，每一克隆細胞都具有其特異的、能與其相應抗原決定簇起反應的受體。但處于未成熟階段的T、B反應細胞系因接觸抗原而被清除，則造成免疫耐受。現知大量未成熟自身反應性T細胞在胸腺內因接觸相應的自身抗原后，發生程序性死亡而被清除，這是維持自身耐受最有效的機制。
克隆清除學說強調了免疫耐受誘導過程的中樞衰竭機制。這一學說尚不能解釋許多客觀存在的現象：①已建立的耐受性可以、甚至易于被破壞，即對原先的耐受原重新出現免疫應答;②給已建立耐受性的動物輸注同品系正常動物的淋巴細胞(含反應克隆)并不能使動物恢復對耐受原的免疫應答;③將已建立耐受動物的淋巴細胞轉移到同品系正常動物體內，能使其產生對相同抗原的耐受性;④成年機體對大多數自身抗原雖呈免疫耐受，但業已發現成年機體內可檢測到對自身抗原起反應的T和B細胞克隆的存在。
以上事實提示，在免疫耐受，尤其是獲得性免疫耐受的機體內，自身反應細胞克隆并未被徹底清除，而是處于功能受抑或無能狀態(clonalanergy)。凡是細胞表面抗原受體被封閉，抗原不能與細胞表面受體結合，缺少T細胞或巨噬細胞的輔助作用，以及T細胞與巨噬細胞主動抑制作用，抗獨特型網絡的主動抑制等都可能參與耐受的誘導過程。導致反應細胞克隆的不應答，而不能發生正相免疫應答。
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