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Burnet的克隆選擇學(xué)說提出體內(nèi)約存在著102-107具有免疫活性的細(xì)胞克隆，每一克隆細(xì)胞都具有其特異的、能與其相應(yīng)抗原決定簇起反應(yīng)的受體。但處于未成熟階段的T、B反應(yīng)細(xì)胞系因接觸抗原而被清除，則造成免疫耐受。現(xiàn)知大量未成熟自身反應(yīng)性T細(xì)胞在胸腺內(nèi)因接觸相應(yīng)的自身抗原后，發(fā)生程序性死亡而被清除，這是維持自身耐受最有效的機(jī)制。

克隆清除學(xué)說強(qiáng)調(diào)了免疫耐受誘導(dǎo)過程的中樞衰竭機(jī)制。這一學(xué)說尚不能解釋許多客觀存在的現(xiàn)象：①已建立的耐受性可以、甚至易于被破壞，即對(duì)原先的耐受原重新出現(xiàn)免疫應(yīng)答;②給已建立耐受性的動(dòng)物輸注同品系正常動(dòng)物的淋巴細(xì)胞(含反應(yīng)克隆)并不能使動(dòng)物恢復(fù)對(duì)耐受原的免疫應(yīng)答;③將已建立耐受動(dòng)物的淋巴細(xì)胞轉(zhuǎn)移到同品系正常動(dòng)物體內(nèi)，能使其產(chǎn)生對(duì)相同抗原的耐受性;④成年機(jī)體對(duì)大多數(shù)自身抗原雖呈免疫耐受，但業(yè)已發(fā)現(xiàn)成年機(jī)體內(nèi)可檢測到對(duì)自身抗原起反應(yīng)的T和B細(xì)胞克隆的存在。

以上事實(shí)提示，在免疫耐受，尤其是獲得性免疫耐受的機(jī)體內(nèi)，自身反應(yīng)細(xì)胞克隆并未被徹底清除，而是處于功能受抑或無能狀態(tài)(clonalanergy)。凡是細(xì)胞表面抗原受體被封閉，抗原不能與細(xì)胞表面受體結(jié)合，缺少T細(xì)胞或巨噬細(xì)胞的輔助作用，以及T細(xì)胞與巨噬細(xì)胞主動(dòng)抑制作用，抗獨(dú)特型網(wǎng)絡(luò)的主動(dòng)抑制等都可能參與耐受的誘導(dǎo)過程。導(dǎo)致反應(yīng)細(xì)胞克隆的不應(yīng)答，而不能發(fā)生正相免疫應(yīng)答。