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有關(guān)氧化磷酸化的偶聯(lián)機(jī)理已經(jīng)作了許多研究，目前氧化磷酸化的偶聯(lián)機(jī)理還不完全清楚，50年代Slater及Lehninger提出了化學(xué)偶聯(lián)學(xué)說，1964年Boear又提出了構(gòu)象變化偶聯(lián)學(xué)說，這兩種學(xué)說的實(shí)驗(yàn)依據(jù)不多，支持這兩種觀點(diǎn)的人已經(jīng)不多了。目前多數(shù)人支持化學(xué)滲透學(xué)說(chemiosmotic hypothesis)，這是英國生化學(xué)家P.Mitchell于1961年提出的，當(dāng)時(shí)沒有引起人們的重視，1966年他根據(jù)逐步積累的實(shí)驗(yàn)證據(jù)和生物膜研究的進(jìn)展，逐步地完善了這一學(xué)說。

氧化磷酸化的化學(xué)滲透學(xué)說的基本觀點(diǎn)是：

1.線粒體的內(nèi)膜中電子傳遞與線粒體釋放H+是偶聯(lián)的，即呼吸鏈在傳遞電子過程中釋放出來的能量不斷地將線粒體基質(zhì)內(nèi)的H+逆濃度梯度泵出線粒體內(nèi)膜，這一過程的分子機(jī)理還不十分清楚。

2.H+不能自由透過線粒體內(nèi)膜，結(jié)果使得線粒體內(nèi)膜外側(cè)H+濃度增高，基質(zhì)內(nèi)H+濃度降低，在線粒體內(nèi)膜兩側(cè)形成一個(gè)質(zhì)子跨膜梯度，線粒體內(nèi)膜外側(cè)帶正電荷，內(nèi)膜內(nèi)側(cè)帶負(fù)電荷，這就是跨膜電位△ψ。由于線粒體內(nèi)膜兩側(cè)H+濃度不同，內(nèi)膜兩側(cè)還有一個(gè)pH梯度△pH，膜外側(cè)pH較基質(zhì)pH約低1.0單位，底物氧化過程中釋放的自由能就儲存于△ψ和△pH中，若以△P表示總的質(zhì)子移動(dòng)力，那么三者的關(guān)系可用下式表示：

△P=△ψ-59△pH

3.線粒體外的H+可以通過線粒體內(nèi)膜上的三分子體順著H+濃度梯度進(jìn)入線粒體基質(zhì)中，這相當(dāng)于一個(gè)特異的質(zhì)子通道，H+順濃度梯度方向運(yùn)動(dòng)所釋放的自由能用于ATP的合成，寡霉素能與OSCP結(jié)合，特異阻斷這個(gè)H+通道，從而抑制ATP合成。有關(guān)ATP合成的分子機(jī)制目前還不十分清楚。

4.解偶聯(lián)劑的作用是促進(jìn)H+被動(dòng)擴(kuò)散通過線粒體內(nèi)膜，即增強(qiáng)線粒體內(nèi)膜對H+的通透性，解偶聯(lián)劑能消除線粒體內(nèi)膜兩側(cè)的質(zhì)子梯度，所以不能再合成ATP。

總之，化學(xué)滲透學(xué)說認(rèn)為在氧化與磷酸化之間起偶聯(lián)作用的因素是H+的跨膜梯度。

每對H+通過三分子體回到線粒體基質(zhì)中可以生成一分子ATP。以NADH+H+作底物，其電子沿呼吸鏈傳遞在線粒體內(nèi)膜中形成三個(gè)回路，所以生成3分子ATP。以FADH2為底物，其電子沿琥珀酸氧化呼吸鏈傳遞在線粒體內(nèi)膜中形成兩個(gè)回路，所以生成兩個(gè)ATP分子。

自從Mitchell提出化學(xué)通透學(xué)說以來，已為大量的實(shí)驗(yàn)結(jié)果驗(yàn)證，為該學(xué)說提供了實(shí)驗(yàn)依據(jù)。

美國Cohen等人于1978年使用完整的大鼠肝細(xì)胞作實(shí)驗(yàn)材料，以核磁共振(nuclearmagneticresonance,NMR)的方法直接觀察到完整細(xì)胞中胞液與線粒體基質(zhì)之間存在H+跨膜梯度，胞液的pH值比線粒體基質(zhì)的pH值低0.3單位，用解偶聯(lián)劑處理，或用氮?dú)獯嫜鯕馇袛嘌醯墓?yīng)，那么胞液和線粒體基質(zhì)之間的pH梯度消失。

嗜鹽菌(halobacteriumhaloblum)是一種能在高濃度鹽溶液中生長的細(xì)菌，該菌中有一種結(jié)合蛋白質(zhì)，稱為菌紫質(zhì)(bacteriorhodopsin)，菌紫質(zhì)能將光能轉(zhuǎn)換成化學(xué)能。有人使用嗜鹽菌作實(shí)驗(yàn)，在無O2的情況下用光照射嗜鹽菌，盡管無氧化作用，菌體內(nèi)仍維持一定的ATP濃度，若加入解偶聯(lián)劑或加入磷酸化抑制劑DCC，則菌體內(nèi)ATP濃度降低;而加入呼吸抑制劑抑制電子傳遞，即不影響ATP合成，ATP濃度不變，這說明電子傳遞和H+運(yùn)動(dòng)是可以分開加以研究的，嗜鹽菌為研究化學(xué)滲透學(xué)說的H+運(yùn)動(dòng)提供了一個(gè)理想的模型。于是，有人分離嗜鹽菌的菌紫質(zhì)，并將其重組在人工脂質(zhì)體中，然后用光照射，可測得跨膜電位為120mV(內(nèi)負(fù)外正)，同時(shí)膜外側(cè)H+濃度增高，膜內(nèi)外△pH約為1.8單位，可以算出總的質(zhì)子移動(dòng)力約為△P=-120mV-59×1.8mV=226mV，若再將牛心線粒體內(nèi)膜重組在此脂質(zhì)體中，光照后可使ADP+Pi生成ATP，這說明質(zhì)子跨膜梯度可以經(jīng)過線粒體內(nèi)膜的三分子體將H+跨膜梯度中儲存的能量轉(zhuǎn)變?yōu)锳TP分子中的化學(xué)能。