濾過除菌法即將液體或空氣通過含有微細小孔的濾器，只允許小于孔徑的物體如液體和空氣通過，大于孔徑的的物體不能通過。主要用于一些不耐熱的血清、毒素、抗生素、藥液、空氣等除菌。一般不能除去病毒、支原體和細菌的L型。濾器的種類很多常用的有：
濾膜濾器（Membrane filter）由硝基纖維素制成薄膜，裝于濾器上，其孔徑大小不一，常用于除菌的為0.22um.硝基纖維素的優點是本身不帶電荷，故當液體濾過后，其中有效成分喪失較少。
蔡氏濾器（Seitz）是用金屬制成，中間夾石棉濾板，按石棉K、EK、EK-S三種，常用EK號除菌。
玻璃濾器是用玻璃細砂加熱壓成小碟，嵌于玻璃漏斗中一般為G1、G2、G3、G4、G5、G6六種，G5、G6可阻止細菌通過。
實驗室等處應用的超凈工作臺，就是利用過濾除菌的原理去除進入工作臺空氣中的細菌。
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