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細菌的DNA除大部分集中于核質（染色體）內，尚有少部分（約1～2%）存在于染色體外，稱為質粒。質粒與染色體的相似處為：質粒亦為雙鏈環形 DNA，不過其分子量遠比染色體為小，僅為細菌染色體DNA的0.5～3%.質粒亦可攜帶遺傳信息，可決定細菌的一些生物學特性。然而質粒卻有一些與染色體DNA不同的特性。

1.質粒并非細菌生存所必不可少的遺傳物質。細菌如失去染色體，則不能生存；然而細菌失去質粒后仍能生存。這是由于染色體DNA攜帶的基因所編碼的產物，在細菌新陳代謝中是生存所必須者；而質粒攜帶的基因所編碼的產物并非細菌的生存所必須者。因此質粒可以在細菌間傳遞與丟失。

2.質粒的傳遞（轉移）是細菌遺傳物質轉移的一個重要方式。有些質粒本身即具有轉移裝置，如耐藥性質粒（R質粒）；而有些質粒本身無轉移裝置，需要通過媒介（如噬菌體）轉移或隨有轉移裝置的質粒一起轉移。獲得質粒的細菌可隨之而獲得一些生物學特性，如耐藥性或產生細菌素的能力等。

3.質粒可自行失去或經人工處理而消失。在細菌培養傳代過程中，有些質粒可自行從宿主細菌中失去。這種丟失不像染色體突變發生率很低，而是較易發生。用紫外線、吖啶類染料及其他可以作用于DNA的物理、化學因子處理后，可以使一部分質粒消失，稱為消除。目前學者們感興趣的是如何通過人工處理消除耐藥質粒或與致病性有關的質粒。

4.質粒可以獨立復制。質粒為DNA，有復制的能力，質粒的復制可不依賴于染色體，而在細菌胞漿內進行。這一特性在基因工程中需擴增質粒時很有用處，因可使細菌停止繁殖而質粒仍可繼續復制，從而可獲得大量的質粒。

5.可有幾種質粒同時共存在于一個細菌內。因質粒可獨立復制，又能轉移入細菌和自然失去，因此就有機會出現幾種質粒的共存。但是并非任何質粒均可共存，因發現在有些情況下，兩種以上的質粒能穩定地共存于一個菌體內，而有些質粒則不能共存。

目前已在很多種細菌中發現質粒。比較重要者有決定性菌毛的F因子，決定耐藥性的R因子以及決定產大腸桿菌素的Col因子等。耐藥性質粒的分子量相對較小，而與致性有關的質粒則為大質粒。革蘭氏陰性菌一般都帶有質粒。某些革蘭氏陽性菌如葡萄球菌也有質粒。