急性闌尾炎臨床誤診率相當高，國內統計為4～5%，國外報道德規范高達30%.需要與急性闌尾炎鑒別的疾病很多，其中最主要的有下列十幾種疾病。
一、與內科急腹癥的鑒別：
1、右下肺炎和胸膜炎：右下肺和胸腔的炎性病變，可反射性引起右下腹痛，有進可誤診為急性闌尾炎。但肺炎及胸膜炎常常有咳嗽，咳痰及胸痛等明顯的呼吸道癥狀，胸部體征如呼吸音改變及濕羅音等。腹部體征不明顯，右下腹壓痛多不存在。胸部X線，可明確診斷。
2、急性腸系膜淋巴結炎：多見于兒童，常繼發于上呼吸道感染之后。由于小腸系膜淋巴結廣泛腫大，回腸未端尤為明顯，臨床上可表現為右下腹痛及壓痛，類似急性闌尾炎。但本病伴有高燒，腹痛壓痛較為廣泛，有時尚可觸到腫大的淋巴結。
3、局限性回腸炎：病變主要發生在回腸末端，為一種非特異性炎癥，20～30歲的青年人較多見。本病急性期時，病變處的腸管充血，水腫并有滲出，刺激右下腹壁層腹膜，出現腹痛及壓痛，類似急性闌尾炎。位置局限于回腸，無轉移性腹痛的特點，腹部體征也較廣泛，有時可觸到腫大之腸管。另外，病人可伴有腹瀉，大便檢查有明顯的異常成分。
二、與婦產科急腹癥的鑒別：
1、右側輸卵管妊娠：右側宮外孕破裂后，腹腔內出血刺激右下腹壁層腹膜，可出現急性闌尾炎的臨床特點。但宮外孕常有停經及早孕史，而且發病前可有陰道出血。病人繼腹痛后有會陰和肛門部腫脹感，同時有內出血及出血性休克現象。婦科檢查可見陰道內有血液，子宮稍大伴觸痛，右側附件腫大和后穹窿穿刺有血等陽性體征。
2、卵巢囊腫扭轉：右側卵巢囊腫蒂扭轉后，囊腫循環障礙、壞死、血性滲出，引起右腹部的炎癥，與闌尾炎相似。但本病常有盆腔包塊史，且發病突然，為陣發性絞痛，可伴輕度休克癥狀。婦科檢查時能觸到囊性包塊，并有觸痛，腹部B超證實右下腹有囊性包塊存在。
3、卵巢濾泡破裂：多發生于未婚女青年，常在月經后兩周發病，因腹腔內出血，引起右下腹痛。本病右下腹局部體征較輕，診斷性腹腔穿刺可抽出血性滲出。
4、急性附件炎：右側輸卵管急性炎癥可引起與急性闌尾炎相似的癥狀和體征。但輸卵管炎多發生于已婚婦女，有白帶過多史，發病多在月經來潮之前。雖有右下腹痛，但無典型的轉移性，而且腹部壓痛部位較低，幾乎靠近恥骨處。婦科檢查可見陰道有膿性分泌物，子宮兩側觸痛明顯，右側附件有觸痛性腫物。
三、與外科急腹癥的鑒別：
1、潰瘍病急性穿孔：潰瘍病發生穿孔后，部分胃內容物沿右結腸旁溝流入右髂窩，引起右下腹急性炎癥，可誤為急性闌尾炎。但本病多有慢性潰瘍病史，發病前多有暴飲暴食的誘因，發病突然且腹痛劇烈。查體時見腹壁呈板狀，腹膜刺激征以劍突下最明顯。腹部透視膈下可見游離氣體，診斷性腹腔穿刺可抽出上消化道液體。
2、急性膽囊炎、膽石癥：急性膽囊炎有時需和高位闌尾炎鑒別，前者常有膽絞痛發作史，伴右肩和背部放散痛；而后者為轉移性腹痛的特點。檢查時急性膽囊炎可出現莫菲氏征陽性，甚至可觸到腫大的膽囊，急診腹部B超檢查可顯示膽囊腫大和結石聲影。
3、急性美克爾憩室炎：美克爾憩室為一先天性畸形，主要位于回腸的末端，其部位與闌尾很接近。憩室發生急性炎癥時，臨床癥狀極似急性闌尾炎，術前很難鑒別。因此，當臨床診斷闌尾炎而手術中的闌尾外觀基本正常時，應仔細檢查末段回腸至1米，以免遺漏發炎的憩室。
4、右側輸尿管結石：輸尿管結石向下移動時可引起右下腹部痛，有時可與闌尾炎混淆。但輸尿管結石發作時呈劇烈的絞痛，難以忍受，疼痛沿輸尿管向外陰部、大腿內側放散。腹部檢查，右下腹壓痛和肌緊張均不太明顯，腹部平片有時可發現泌尿系有陽性結石，而尿常規有大量紅細胞。
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