畢業論文要有正確的立意，還要有嚴密的邏輯性。就是說論文不僅要做到“言之有理”、“言之有物”，還要做到“言之有序”。任何事物的發展，都有它的規律性。論文的結構也有規律性，這就是論證所遵循的“序”。遵循了“序”，論文在布局謀篇上就會更完整，結構就會更嚴謹。論文的結構安排，要在中心論點的統率和支配下，把各個論證部分嚴謹周密地組織起來，分清主次輕重，做到層次分明，詳略疏密有致。畢業論文在結構上存在的毛病，常見的主要有下列幾種：
一、結構不完整、不平衡
一般畢業論文大致上可以分成三個部分：開始列有小序對全文的概括，使讀者有個全面的了解，或者鮮明地提出問題，領挈全文；然后，便分層展開論述，在總論點領轄下各分論點依次鋪開，深入分析問題，這是論文的主體；最后是結論部分，依據論述的需要確定結尾的長短和詳略，這就使論文渾然一體，布局完整。有的文章缺少某一重要部分，如無頭(緒)或無尾(結論)，不能形成一個完整的整體。如有的論文，開頭沒有說明課題的來源或研究目的、意義，也不交代調查的手段和方法，一上來就列舉大量事實和數據，讓人覺得“沒頭沒腦”。有的文章結尾處沒有明確的結論，沒有個人的觀點和見解，缺乏必要的分析和評論。有的論文該詳細的不詳細，該簡略的卻過于冗長；對中心論點的論證不充分，而對其它分論點卻津津樂道。這樣，論文的結論就不平衡了。
二、結論松散，缺乏條理
一般來說，文章采用的基本推理形式，決定著文章的內在結構形式。例如，一篇文章主要是探討某一事物產生的原因，反映在結構上，必然有因果關系的兩個部分，或者是結果推及原因，或者由原因推斷結果，缺一不可。文章要有層次，有條理。如果在寫作中，材料的安排不當，就會使層次不分明、條理不清楚。事物之間有各種不同的關系，反映這種關系的材料之間也有各種不同的關系，例如，平行關系、遞進關系、接續關系、對立關系等。總之，理清了事物之間的相互關系，并在結構中體現出來，文章的眉目就清楚了。而有的文章內容上拼拼湊湊，論文層次既不遵循各部分內在邏輯順序，也不符合作者和讀者的認識規律。作者心中缺乏總體布局，寫作時信馬由緝，任筆端自由馳騁，因而出現前后不銜接，甚至前后重復、前后矛盾，或顛三倒四，東拉西扯，上下兩段明顯地割裂開來，缺少自然的過渡，使人感到突冗、生硬，意思不連貫。有的論文分段太長，甚至一連好幾頁也不分段，顯得層次不明，看起來費力。
三、論證不得力，缺少邏輯性
論證不力的情況有兩類：一類只有理論分析，從理論到理論，缺少必要的和充分的事例和數字的依據；另一種是材料很多，但在選材和組織材料上欠佳，缺少周密嚴謹的邏輯性。后一類毛病在許多論文中常出現，其表現為：
忽視“新穎性”的選材要求，，材料陳舊，用一些人們熟知的老例子，缺乏新鮮感、吸引力；
不能有選擇地利用典型、精當的材料形成自己的觀點，例子濫而散，沒有從中整理出自己立論的角度和起筆的由頭；
論據缺乏典型性、必要性，僅憑在特定環境中極少發生的某些事實，得出與該環境中大量發生事實所不同的結論，因而論證缺乏說服力；
提出論點、羅列論據之后，不作深入分析甚至不作任何分析，沒有論證過程，便用“由此可見”、“大量事實證明”等語句，轉而扣合所提出的論點；
以偏概全，以點代面，以小論據支撐大論點，論據不足，犯“推不出”的毛病；
結構混亂，缺乏邏輯性。前后顛倒，層次不清。胡子眉毛一把抓。有的主次不分明，重點不突出。有的論點與論據之間沒有必要的聯系，二者或互相脫節，或互相矛盾，犯“引論失據”的毛病，其原因是對概念和事實并沒有真正理解；
分析問題時不是從實際出發，從對事實的分析中得出結論，而是用觀點去套例子，用事實去印證觀點；
前后論點有矛盾，中心論點與分論點有矛盾，或回避論題，或主觀臆斷，分析不客觀，沒有進行必要的和充分的論證。
有的結構單一，缺乏層次性。一篇四五千字的長文章，中間不用序碼，也不加小標題，讀起來很吃力，有的首尾脫節，缺乏完整性。
四、緒論、結論寫作不當
在一些畢業論文中，緒論和結論寫作不當是一個較為突出的問題，其原因是作者對緒論和結論的作用了解不夠，不懂得怎樣寫好緒論和結論。有些論文的緒論洋洋灑灑，篇幅相當大，卻寫了一些與畢業論文沒有多大關系甚至無用的話，離題千里，既臃腫繁雜又內容貧乏，沒有很好地起到導引本論的作用。有些論文的緒論整段抄錄教科書的有關內容，對一些入所共知的一般知識，不厭其煩地作介紹，卻不認真提及自己的設計任務和課題的意義，沒有說清論文的要害所在，因而內容空泛，文不對題。很多論文的結論也不符合寫作要求。有的論文根本沒有結語，有頭無尾，不能完整、準確地表達自己的研究成果或結果。例如，有的論文在寫完調查過程和所能獲得的數據材料之后，就突然停筆，沒有結論，沒有歸納和總結，也沒有評價與建議。這樣的論文，反映不出工作的最終成果，沒有作者的見解、意見和建議，看不出研究或設計任務是否完成和完成的質量。有些畢業論文在結尾處寫上幾點一般性者生常談的體會，而不能把自己研究成果深刻地反映出來。這種膚淺的認識和感受，是不能代替論文結論的。
五、論證方法單調
有的畢業論文在論證主題過程中，方法比較單調，文章顯得平鋪直敘，沒有波瀾起伏。例如，有的文章從頭至尾采用一種例證法，圍繞大論點，提出小論點，用一個事例說明，由是得出一個大結論。論證就缺乏科學性和說服力。有的文章格式也單調，往往是現狀、存在問題及原因，然后提出幾點對策，再加上陳舊的觀點和數據，文章就沒有論證的力度和說服力。有的文章結構刻板，缺乏創造性。論文結構干篇一律，總是“三部曲”(現狀——原因——對策)或“四部曲”(成績——問題——成因——對策)，讀之令人生厭。要改變這種毛病，就要在文中反復用各種論證方法，除了例證法以外，還要學會用喻證法——運用比喻的方法把道理引出來，說明論點的論證方法；類比法——根據兩種事物在某些特征上的相似，得出它們在其他特征也可能相似的結論；對比法——把兩種事物加以對照、比較，從而推導出它們的差異點；反駁法——通過否定對方的觀點和看法，來闡明自己觀點；歸謬法——反駁對方論點，首先假設對方的論點是正確的，然后加以引申、推論，從而得出極其荒謬的結論來。
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