| 院系所代碼 | 院系所名稱 | 所在地 | 備注 |
| 001 | 基礎醫學院（一） | 校本部 | |
| 002 | 基礎醫學院（二） | 校本部 | 基礎醫學（理學）專業 |
| 003 | 生命科學學院 | 校本部 | 含上海交通大學Bio-X研究院 |
| 004 | 公共衛生學院 | 校本部 | 含生物醫學研究所 |
| 005 | 衛生管理學院 | 校本部 | |
| 006 | 口腔醫學院（附屬口腔醫院） | 校本部 | |
| 007 | 臨床藥理研究所 | 校本部 | |
| 008 | 藥學院 | 校本部 | |
| 009 | 人文社會科學學院 | 校本部 | |
| 010 | 醫學心理學系 | 校本部 | 含合肥四院、杭州七院、深圳康寧醫院 |
| 011 | 護理學院 | 校本部 | |
| 012 | 第一臨床學院（第一附屬醫院） | 合肥市 | |
| 013 | 第二臨床學院（第二附屬醫院） | 合肥市 | |
| 014 | 第四附屬醫院 | 合肥市 | |
| 015 | 巢湖臨床學院（附屬巢湖醫院） | 合肥市巢湖市 | |
| 016 | 省立臨床學院（附屬省立醫院） | 合肥市 | 非直屬培養單位 |
| 017 | 第三附屬醫院（合肥市第一人民醫院） | 合肥市 | 非直屬培養單位 |
| 018 | 附屬合肥醫院（合肥市第二人民醫院） | 合肥市 | 非直屬培養單位 |
| 019 | 解放軍臨床學院（解放軍105醫院） | 合肥市 | 非直屬培養單位 |
| 020 | 兒科臨床學院（省立兒童醫院） | 合肥市 | 非直屬培養單位 |
| 021 | 合肥口腔臨床學院（合肥市口腔醫院） | 合肥市 | 非直屬培養單位 |
| 022 | 婦幼保健臨床學院（省婦幼保健院） | 合肥市 | 非直屬培養單位 |
| 023 | 附屬安慶醫院（安慶市立醫院） | 安慶市 | 非直屬培養單位 |
| 024 | 附屬六安醫院（六安市人民醫院） | 六安市 | 非直屬培養單位 |
| 025 | 滁州臨床學院（滁州市第一人民醫院） | 滁州市 | 非直屬培養單位 |
| 026 | 阜陽臨床學院（阜陽市人民醫院） | 阜陽市 | 非直屬培養單位 |
| 027 | 阜陽傳染病臨床學院（阜陽市第二人民醫院） | 阜陽市 | 非直屬培養單位 |
| 028 | 宿州臨床學院（宿州市立醫院） | 宿州市 | 非直屬培養單位 |
| 029 | 池州臨床學院（池州市人民醫院） | 池州市 | 非直屬培養單位 |
| 030 | 銅陵臨床學院（銅陵市立醫院） | 銅陵市 | 非直屬培養單位 |
| 031 | 杭州臨床學院（杭州市第三人民醫院） | 杭州市 | 非直屬培養單位 |
| 032 | 解放軍杭州臨床學院（南京軍區杭州療養院） | 杭州市 | 非直屬培養單位 |
| 033 | 解放軍九八臨床學院（解放軍九八醫院） | 湖州市 | 非直屬培養單位 |
| 034 | 軍事醫學科學院放射與輻射醫學研究所 | 北京市 | 非直屬培養單位 |
| （安徽醫科大學戰略合作伙伴單位） | |||
| 035 | 軍事醫學科學院基礎醫學研究所 | 北京市 | 非直屬培養單位 |
| （安徽醫科大學戰略合作伙伴單位） | |||
| 036 | 軍事醫學科學院微生物流行病研究所 | 北京市 | 非直屬培養單位 |
| （安徽醫科大學戰略合作伙伴單位） | |||
| 037 | 解放軍306臨床學院（解放軍306醫院） | 北京市 | 非直屬培養單位 |
| 038 | 解放軍307臨床學院（解放軍307醫院） | 北京市 | 非直屬培養單位 |
| 039 | 空軍臨床學院（解放軍空軍總醫院） | 北京市 | 非直屬培養單位 |
| 040 | 海軍臨床學院（解放軍海軍總醫院） | 北京市 | 非直屬培養單位 |
| 041 | 北京軍區總醫院臨床學院（北京軍區總醫院） | 北京市 | 非直屬培養單位 |
| 042 | 武警總醫院臨床學院（武警總醫院） | 北京市 | 非直屬培養單位 |
| 043 | 上海皮膚病臨床學院（上海市皮膚病醫院） | 上海市 | 非直屬培養單位 |
| 044 | 上海普陀臨床學院（上海市普陀區人民醫院） | 上海市 | 非直屬培養單位 |
| 045 | 解放軍八一臨床學院（解放軍八一醫院） | 南京市 | 非直屬培養單位 |
| 046 | 無錫臨床學院（解放軍101醫院） | 無錫市 | 非直屬培養單位 |
| 047 | 新疆臨床學院（新疆自治區人民醫院） | 烏魯木齊市 | 非直屬培養單位 |
| 048 | 解放軍174臨床學院（解放軍174醫院） | 廈門市 | 非直屬培養單位 |
| 049 | 北大深圳醫院臨床學院（北京大學深圳醫院） | 深圳市 | 非直屬培養單位 |
| （安徽醫科大學戰略合作伙伴單位） | |||
| 050 | 深圳二院臨床學院（深圳市第二人民醫院） | 深圳市 | 非直屬培養單位 |
| 051 | 上海臨床學院（上海市第十人民醫院） | 上海市 | 非直屬培養單位 |
| 052 | 海南皮膚病臨床學院（海南省皮膚病醫院） | 海口市 | 非直屬培養單位 |
| 053 | 廣東皮膚病臨床學院（廣東省皮膚病醫院） | 廣州市 | 非直屬培養單位 |
| 054 | 濟寧臨床學院（濟寧市第一人民醫院） | 濟寧市 | 非直屬培養單位 |
| 055 | 解放軍359臨床學院（解放軍359醫院） | 鎮江市 | 非直屬培養單位 |
| 056 | 馬鞍山臨床學院（馬鞍山市人民醫院） | 馬鞍山市 | 非直屬培養單位 |
| 057 | 解放軍113臨床學院（解放軍113醫院） | 寧波市 | 非直屬培養單位 |
| 058 | 第一臨床學院（第一附屬醫院）（二） | 合肥市 | 轉化醫學研究生招生改革試點項目 |
| 059 | 第二臨床學院（第二附屬醫院）（二） | 合肥市 | 轉化醫學研究生招生改革試點項目 |
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