百日咳是由百日咳桿菌引起的急性呼吸道傳染病，以陣發性痙攣性咳嗽為特征，發病過程可分為三期(經過7～10天潛伏期開始發病)。
第一期：
病初與一般上感咳嗽相似，患兒可伴有輕微發熱、打噴嚏、流涕等上感癥狀，此時病菌在氣管、支氣管粘膜上生長繁殖，刺激呼吸道粘膜，引起呼吸道粘膜炎癥，把這個階段稱做為卡他炎癥期，此期歷時約1～2周
第二期：
于病程約2周起出現典型陣發性痙攣性咳嗽，表現為成串的緊接不斷的咳嗽，連續十幾聲至數十聲，作一口長吸氣，相繼出現雞鳴樣回聲，至吐出呼吸道中粘稠分泌物為止。
由于咳嗽劇烈，還可見到面部浮腫、甚至發紫、兩眼鼓出、淚涕交流、眼結膜出血、舌下系帶潰瘍等。
此時“痙咳”、“回聲”，是由于呼吸道中粘稠的分泌物刺激粘膜內神經末稍及吸氣時空氣經過痙攣的聲門所產生的。這個階段可稱做百日咳的痙咳期，此期歷時2～8周。
第三期：
隨著陣發性痙咳逐漸減少或消失，氣管、支氣管粘膜上的病菌被排除與消滅，疾病進入恢復健康的階段，我們所以把這個階段叫作恢復期，此期約歷經2～3周。
另外，在臨床上小嬰兒的癥狀特殊，常無痙咳及典型高調吸氣聲，而常表現為陣發性呼吸暫停、青紫、甚則出現抽搐。
還有一些成人或年長兒和經過預防接種的小兒百日咳癥狀可輕而不典型，僅有2～4周或更長時間干咳、缺乏陣發性痙咳，亦有少數百日咳病兒因病程長、免疫力低等原因而繼發其他細菌或病毒等感染，產生并發癥。
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