院 長：黃文華 教授
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基礎醫學院的前身是原第一軍醫大學基礎部，具有六十二年的發展歷史。學科體系完善，設有人體解剖學、組織胚胎學、病理學、病理生理學等12個教研室和1個醫學基礎實驗教學中心。擁有“基礎醫學”和“生物學”兩個博士后流動站和一級學科博士學位授權點。現有1個國家重點學科，1個國家重點培育學科，1個國家級實驗教學示范中心，2個廣東省重點一級學科， 1個教育部重點實驗室，7個廣東省重點實驗室和1個廣東省司法鑒定中心。
學院師資力量雄厚。現有教職工226人，其中教授53人、副教授54人；博士生導師55人、碩士生導師31人；具有博士學位的教師占80%以上。有中國科學院院士1名，中國工程院院士1名；國家級教學名師2人，全國模范教師和全國優秀教師3人，教育部“長江學者”教授3人，973項目首席科學家1人、國家杰出青年科學基金獲得者3人、享受政府特殊津貼者17人。 先后有30余人次獲中國青年科技獎、“新世紀百千萬人才工程”國家級人選、廣東省科學技術突出貢獻獎、廣東省丁穎科技獎、南粵優秀教師等榮譽。擁有國家級教學團隊1個，教育部創新團隊2個，廣東省創新科研團隊1個。2009年被評為“全國教育系統先進集體”。
學院主編國家“十二五”規劃教材4部，先后獲多項省部級優秀教學成果獎，國家精品課程等多項榮譽。開設了4個本科專業，在校本科生600多名。在讀博士、碩士研究生400多名。獲得全國優秀博士論文3篇。
學院科研布局好，研究實力強。建有“組織工程”、“轉基因和敲基因技術”、“斑馬魚模式生物”、“蛋白質組學”等多個高新技術平臺。在基礎醫學、生物學研究領域具有優勢和學術影響。目前共承擔各類基金課題100余項，總經費4000多萬元。一批優秀的中青年人才主持了國家973、863項目、國家自然科學基金重點項目和國家杰出青年基金等研究課題。與美國、歐盟、日本等幾十所大學和科研機構建立了穩定的科研協作和人才培養合作關系。
學院堅持以人為本，重視人性關懷和個性成長，人人享有平等機會，人人享用同等權利，教師之間和衷共濟，學科之間協調發展。針對本科生設計出創新課題等學生科研活動，使學生在讀期間就可參與科學研究的具體工作，不僅培養了學生科學的思維和動手能力，也為將來進入社會打下了良好的基礎。學院一向秉持博學至精、厚德至善、創新至上的精神，基礎醫學院已成為國內知名的醫學教學和研究基地。
招生專業： 基礎醫學、臨床醫學（臨床病理方向）、醫學實驗技術、生物信息學
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