院 長：呂志平教授
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中醫藥學院前身為中國人民解放軍第一軍醫大學中醫系，始建于1975年7月， 2004年隨學校移交廣東省，2005年更名為中醫藥學院，具有36年發展歷史。目前學院共有13個教研室，開設5個本科專業及方向。
學科人才優勢顯著。中醫藥學科是學校特色學科群之一。中西醫結合臨床醫學先后成為廣東省重點學科、國家重點學科、省211重點學科和國家特色重點學科，目前該學科全國排名第二（2007年和2011年教育部網站上公布的中國大學研究院各二級學科A++級學校排行榜）。有國家中醫藥管理局重點學科6個，國家中醫藥管理局三級實驗室3個，省級重點實驗室1個。有中醫藥專任教師125人，其中有中央軍委保健組專家2名、全國老中醫藥專家學術經驗指導老師3人；有博士生導師26名、碩士導師43名；還有國家有突出貢獻中青年專家、全國優秀教師、全國優秀教育工作者、全軍優秀教師、全軍優秀教育工作者、總后優秀教師、廣東省教學名師等優秀人才。擔任省部級以上學術任職96人次，國家級學會主委2個、副主委28個、省級學會主委4個、副主委45個。
中醫藥學院大樓 中藥廊 學院學生獲挑戰杯金獎
教學實力雄厚。已經完整建成了中西醫結合、中醫學、中藥學本科、碩士、博士人才培養體系。中西醫結合醫學是博士學位授權一級學科、博士后科研工作站，建有廣東省創新人才培養模式試驗區、國家級教學團隊、國家精品課程、廣東省創新人才培養試驗區；中藥學是博士學位授權一級學科、廣東省特色專業、廣東省名牌專業。中醫學是一級學科碩士學位授權學科，國家特色專業、廣東省名牌專業。學校是廣州中醫藥大學名牌優勢專業“中西醫結合七年制本碩連讀專業”的中西醫結合基礎教學基地，也是南京中醫藥大學中西醫結合七年制本科生交流基地。本科生近2屆連續獲得全國大學生“挑戰杯”創業計劃大賽金獎，還獲廣東省金獎3項、銀獎6項，獲全國青少年科技創新獎1項。畢業生的中醫類執業醫師通過率高出全國23個百分點，中西醫結合執業醫師通過率高出全國30個百分點。2011年國家教育部對我校中醫學專業認證給予了高度評價，并指出學校的中西醫結合辦學模式將為全國同類院校發揮示范和引領作用。
醫療特色鮮明。2006年學校積極響應省委、省政府《建設中醫藥強省決定》提出的“支持南方醫科大學發揮中西醫結合學科群優勢，建設一所投資主體多元、醫教研一體、國內一流水平的南方中西醫結合醫院”的要求，建成了中西醫結合醫院（省中管局已批準按三級醫院設置和建設，省編辦定編為省屬公益二類事業單位、正處級、400張床位，403人）。還有南方醫院中醫科和珠江醫院中醫科2個臨床服務基地；建成了分科比較齊全、特色比較鮮明的中西醫結合診療體系。有國家中醫藥管理局重點專科（病）4個；國家中醫藥管理局治未病中心1個；廣東省中醫藥局重點專科（?。?個。中西醫結合風濕科是全國主委單位；中醫腦病科是國家中醫藥局腦病協作組慢性頭痛病臨床驗證牽頭單位，中醫腦病急癥協作組成員單位；中西醫結合消化科是全國中醫藥學會、全國中西醫結合常務理事單位。
科研成果豐碩。十一五期間以來，學院獲省級以上課題近200項，其中國家級課題60余項。獲縱向科研經費6000多萬元；獲省部科研成果9項，其中一等獎2項，二等獎4項。在中藥新制劑、新劑型、中醫急癥新藥研究方面處于國內先進水平。在國際上第一個研制成中藥粉針劑－雙黃連，并成功用于工業化生產，獲國家發明專利；首創抗輪狀病毒感染疾病新藥－葛根芩連微丸；國內首創中藥袋泡劑劑型。研制的三九胃泰、正天丸、金關片、壯骨關節丸、尿毒清、補脾益腸丸、益元口服液、無限極系列口服液等創造了巨大的經濟效益和社會效益。
招生專業：中西醫臨床醫學、中藥學、制藥工程（中藥方向）、中醫學、中醫學（針灸推拿方向）
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