肇慶市環境保護局為肇慶市人民政府工作部門。主要職能如下：
（一）貫徹執行國家和省有關環境保護的方針政策和法律法規、規章；擬訂并監督實施本市環境保護管理規范性文件和制度，組織編制環境功能區劃，擬訂全市環境保護規劃，組織擬訂并監督實施重點區域、流域污染防治規劃和飲用水源地環境保護規劃。
（二）負責重大環境問題的統籌協調和監督管理，牽頭協調重大環境污染事故、生態破壞事件的調查處理和重點區域、流域、環境污染防治工作，指導協調全市重大突發環境事件的應急、預警工作，協調解決跨區域環境污染糾紛。
（三）負責全市主要污染物排放總量控制工作。監督實施主要污染物排放總量控制制度，提出實施總量控制的指標，督查、督辦、核查各縣（市、區）污染物減排任務的完成情況，牽頭實施環境保護目標責任制、總量減排考核并公布考核結果。
（四）負責環境污染防治的監督管理。監督管理全市大氣、噪聲、光、惡臭、固體廢物、化學品以及機動車等的污染防治,組織實施相關的環境管理制度,會同有關部門監督管理飲用水水源地環境保護工作，組織指導城鎮和農村的環境綜合整治工作，牽頭組織強制性清潔生產審核工作，負責環境監察和環境保護行政稽查，組織實施排污申報登記、排污許可證、重點污染源環境保護信用管理等各項環境管理制度。
（五）承擔從源頭上預防、控制環境污染和環境破壞的責任，受市人民政府委托對重大經濟和技術政策、發展規劃以及重大經濟開發計劃進行環境影響評價，對涉及環境保護的法規草案提出有關環境影響方面的建議，按管理權限審批開發建設區域、項目環境影響評價文件，負責建設項目竣工環境保護驗收。
（六）負責城區排污費的征收和管理，指導、監督和稽查各縣（市、區）排污費的征收和使用，會同有關部門管理省下達的環境污染治理資金和環境保護專項資金。
（七）監督檢查對生態環境有影響的自然資源開發利用活動、重要生態環境建設和生態破壞恢復工作；指導、協調和監督全市農村生態環境保護、農業污染防治和生態示范區建設。
（八）負責民用輻射環境安全的監督管理，負責輻射環境事故應急處理，監督管理民用電磁輻射、伴有放射性礦產資源開發利用中的污染防治。
（九）負責環境監測、環境統計、環保宣傳、環保科技信息工作，組織建設和管理本市環境監測網和環境信息網，組織對全市環境質量監測和污染源監督性監測；組織指導和協調全市開展環境宣傳教育、環保法律法規、環境科學知識普及工作。
（十）開展環境保護科技工作。參與指導和推動環境保護產業發展。
（十一）指導縣（市）環境保護行政主管部門的業務工作和各行業環境保護工作，協助縣（市）管理環境保護行政主管部門的領導干部。
（十二）承辦市人民政府和上級業務主管部門交辦的其他事項。
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