隨著抗菌藥物廣泛、大量在臨床應用，從而也導致了抗生素的濫用。因此，限制和禁止抗菌藥物在缺乏用藥指征者的應用，是防止和杜絕抗菌藥物濫用的重要措施之一。
1．病毒感染上呼吸道感染主要為病毒性感染，常見的如感冒、流感等，應用抗菌藥物治療無效。即便有細菌感染，也多為自限型的，如急性中耳炎自愈率高達90％以上；而急性鼻竇炎自愈率亦在70％左右。因此，急性鼻炎、喉炎、氣管炎只是病毒感染，則不需用抗菌藥物治療。扁桃體炎可能為鏈球菌感染，也只要用青霉素治療即可。同樣，嬰幼兒秋冬季腹瀉和春季流行性腹瀉，多由病毒感染所致，所以不能隨意自行服用抗菌藥物，應及時就醫對癥用藥。
2．發熱原因不明者熱型是診斷疾病的依據之一，對于發熱原因不明者，除病情嚴重并懷疑為細菌感染者外，一般不宜用抗菌藥物，以免臨床癥狀不典型和病原菌不易被檢出，延誤正確診斷和治療。
3．一些腹瀉、腸炎者痢疾和部分由大腸埃希菌感染引起的腸炎確診后的細菌感染，應當應用抗菌藥物治療；然而，腹瀉未必都是細菌感染所致，腹部受涼引起腸蠕動加快，對乳制品、魚蝦等食物過敏引起的變態反應；胰腺外分泌功能不足，甚至胰腺癌等都會引起腹瀉，此類腹瀉沒有細菌感染，木應選用抗菌藥物治療。
4．皮膚和黏膜應盡量不在皮膚和黏膜局部應用抗菌藥物，尤其青霉素等應禁用，頭孢菌素應慎用。因為局部用藥易使細菌產生耐藥性和過敏反應。新霉素、磺胺醋酰鈉、桿菌肽、莫匹羅星等專供皮膚和黏膜局部應用的抗菌藥物，在治療中確需局部用藥才可選用。
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