巢湖學院數學系前身是巢湖師范專科學校數學系，始建于1978年，是學校設立最早的系部之一。現有數學與應用數學、信息與計算科學、統計學、金融工程四個本科專業。設有數學與應用數學、信息與計算科學、統計學、高等數學、金融工程五個教研室。
數學系現有學生一千余人，教職工40人，其中專職教師36人、管理人員4人。專職教師中教授4人（1人被聘為安徽師范大學碩士生導師）、副教授9人；博士5人（含在讀1人）、碩士26人。另有外聘教師6人。
數學系現有數學實驗與數學建模實驗室1個。圖書資料4000余冊，學術期刊20多種。2004年以來，一批教師在Hopf代數、環的同調與代數表示論、計算數學、概率統計、排隊論等領域具有穩定的研究方向和一定的科研水平。近年來教師先后發表論著（含合著）6部，在國內外學術期刊上共發表論文近300篇。其中有多篇論文被SCI、EI檢索。數學系學生連續三年在全國大學生數學建模競賽、全國大學生數學競賽中獲得優異成績。各專業近三屆畢業生平均就業率超過92%。
經過30多年的建設，目前專業設置與師資隊伍結構漸趨合理，教學設備較為齊全，教科研水平進步明顯。30多年來，數學系為社會培養輸送了4000多名畢業生。其中大部分已成為區域內中學數學教師隊伍的骨干力量，部分畢業生通過繼續深造已成為經濟、管理、科研等領域的專門人才。
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