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藥物的電子云密度和藥效的關系主要如下：
量子力學理論〉分子〉原子〉原子核，電子。
電子云是電子在核外空間出現概率密度分布的一種形象描述。原于核位于中心。
受體和酶都是以蛋白質為主要成分的生物大分子，蛋白質分子從組成上來講是由各種氨基酸經肽鍵結合而成，在整個蛋白質的鏈上存在各種極性基團造成電子云密度的分布不均勻，有些區域的電子云密度較高，形成負電荷或部分負電荷;有些區域電子云密度比較低，即帶有正電荷或部分正電荷。如果藥物分子中的電子云密度分布正好和受體或酶的特定位點相適應時，由于電荷產生的靜電引力，有利于藥物分子與受體或酶結合，形成比較穩定的藥物-受體或藥物-酶的復合物。
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