動物科學學院前身始建于1953年，時為安徽鳳陽農業學校畜牧獸醫科，1965年開始本科教育，成立畜牧獸醫系，1995年更名為動物科學系，2005年更名為動物科學學院。
動物科學學院現有動物科學、動物醫學、動物生物技術、動植物檢疫和動物藥學五個本科專業。其中:動物醫學專業為國家級特色專業、省級卓越農林人才教育培養計劃建設專業；動物科學專業為省級特色專業、省級卓越農藝師教育培養計劃建設專業和省級綜合改革試點專業。2012年學院開始進行碩士研究生教育。
學院設置有動物醫學系和動物科學系，下設5個教研室（基礎獸醫學、臨床獸醫學、預防獸醫學、動物遺傳育種與繁殖學和動物營養與飼料學教研室）、3個本科教學實驗室（動物科學、動物醫學、基礎獸醫學實驗室）。學院擁有1個省級重點實驗室（家禽疫病防控監測實驗室）、1個省級示范實習實訓中心（獸醫臨床診療實習實訓中心）、4個研究所（家禽研究所、草食動物研究所、動物藥品研究所和禽病研究所）。實驗室面積超過5000多平方米，實驗儀器設備總值1000多萬元。
學院擁有獸醫院、GMP獸藥廠、畜牧科技園、SPF實驗動物中心和普通實驗動物房5個校內實踐教學實習基地，先后與美國泰森食品集團，美國嘉吉集團，美國邦基集團，北京北農大集團、大北農集團、廣東溫氏集團、中牧集團、北京偉嘉集團、大連三儀集團、臺灣大成集團、上海源耀投資股份公司、艾格菲國際集團、中糧集團肉食（江蘇），中糧集團東海糧油工業有限公司等60多家校外企事業單位建立了長期校企聯合辦學與共建關系。
學院現有專任教師44人，其中：教授15人（占34.1%）、副教授13人(占29.5%)；博士22人（占50.0%），碩士7人（占15.9%）；國家級、省級優秀教師、模范教師和省級拔尖人才、中青年學科帶頭人8人，省級教學名師2人、省級教壇新秀1人；省現代農業產業技術體系首席專家1人，崗位專家9人；13位教師擔任碩士研究生導師。近三年學院教師獲各類獎勵50多項，其中省級以上獎勵12項。
近五年來，學院主持和參加省部級以上科研課題40多項，廳級科研課題50多項，科研經費達600多萬元。獲市、廳級以上科研成果獎勵10余項、國家發明專利8項，完成具有完全知識產權的國家行業標準1項。撰寫或參編教材和著作20多部，每年在省級以上學術刊物上發表研究論文100篇左右。
50多年來，學院至今已培養了45屆本科畢業生，38屆?？飘厴I生，畢業學生總數接近10000人。畢業生就業率近年來始終接近100%，創業典型不斷涌現，行業企業滿意度日益提升。
學院連續多年被評為?！皟炐憬虒W院部”、“優秀教學工作單位”、“就業工作先進單位”。2012年，學院被省教育廳授予“省級高等學校優秀教學管理單位”榮譽稱號，學院黨總支榮獲“全省創先爭優先進基層黨組織”榮譽稱號。
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